Khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một trong những nội dung quan trọng trong quá trình kê khai và quản lý thuế của doanh nghiệp, ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí, dòng tiền cũng như hiệu quả hoạt động tài chính. Chính vì vậy, bất kỳ thay đổi nào liên quan đến điều kiện, nguyên tắc hay hồ sơ khấu trừ thuế GTGT đều nhận được sự quan tâm lớn từ cộng đồng doanh nghiệp và kế toán. Bước sang năm 2026, Nghị định 144/2026 đã chính thức bổ sung và điều chỉnh nhiều quy định đáng chú ý liên quan đến khấu trừ thuế GTGT, đặc biệt đối với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và điều kiện khấu trừ đầu vào.
Những cập nhật mới này không chỉ tác động đến công tác kê khai thuế hàng ngày mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến việc kiểm soát rủi ro pháp lý và tối ưu nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Vì vậy, việc nắm rõ các điểm thay đổi trong Nghị định 144/2026 là điều cần thiết để doanh nghiệp chủ động thích nghi, hạn chế sai sót và đảm bảo tuân thủ đúng quy định hiện hành. Trong bài viết dưới đây, hãy cùng tìm hiểu chi tiết những nội dung mới nhất về khấu trừ thuế giá trị gia tăng theo Nghị định 144/2026 và các vấn đề doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi áp dụng thực tế.
Ngày 05/5/2026, Chính phủ đã ban hành Nghị định 144/2026/NĐ-CP, chính thức có hiệu lực từ ngày 20/6/2026, nhằm sửa đổi và bổ sung một số quy định của Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng. Một trong những nội dung đáng chú ý của Nghị định mới là việc cập nhật quy định liên quan đến khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Quy định mới về khấu trừ thuế GTGT từ ngày 20/6/2026
Theo Điều 3 Nghị định 144/2026/NĐ-CP, Chính phủ đã sửa đổi, bổ sung điểm a và điểm c khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT.
Cụ thể, quy định mới nêu rõ:
Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Đối với hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) được sử dụng đồng thời cho:
- Hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT; và
- Hoạt động không chịu thuế GTGT,
thì doanh nghiệp chỉ được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào tương ứng với hoạt động chịu thuế.
Do đó, cơ sở kinh doanh có trách nhiệm:
- Hạch toán riêng phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ;
- Trường hợp không thể hạch toán riêng thì phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu.
Tỷ lệ phân bổ được xác định dựa trên doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu phát sinh trong kỳ tính thuế.
Quy định về xác định tổng doanh thu
Theo nội dung sửa đổi, tổng doanh thu dùng để tính tỷ lệ khấu trừ bao gồm:
- Doanh thu từ hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT;
- Doanh thu từ hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT;
- Giá trị gia tăng từ hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (trừ trường hợp giá trị âm);
- Doanh thu của các hoạt động quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (nếu có).
Đối với các lĩnh vực đặc thù:
- Doanh thu của tổ chức tín dụng và chi nhánh ngân hàng nước ngoài được xác định theo pháp luật về tổ chức tín dụng;
- Doanh thu từ hoạt động chứng khoán được xác định theo pháp luật về chứng khoán;
- Doanh thu của hoạt động kinh doanh bảo hiểm được thực hiện theo pháp luật về kinh doanh bảo hiểm.
Quy định đối với dự án đầu tư hỗn hợp
Nghị định 144/2026/NĐ-CP cũng bổ sung quy định riêng đối với các dự án đầu tư vừa phục vụ hoạt động chịu thuế GTGT vừa phục vụ hoạt động không chịu thuế GTGT.
Theo đó:
- Thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu dự kiến của hoạt động chịu thuế trên tổng doanh thu theo phương án sản xuất, kinh doanh.
- Sau khi dự án đi vào hoạt động, doanh nghiệp phải điều chỉnh lại số thuế đã tạm khấu trừ dựa trên doanh thu thực tế trong vòng 03 năm kể từ năm đầu tiên phát sinh doanh thu.
Trường hợp việc điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT đã được hoàn trước đó thì doanh nghiệp phải hoàn trả phần chênh lệch vào ngân sách nhà nước theo quy định quản lý thuế.
Tuy nhiên, doanh nghiệp sẽ không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với khoản chênh lệch phát sinh do điều chỉnh giảm này.
Bổ sung quy định về doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT
Một điểm mới đáng chú ý khác là doanh thu dùng để xác định tỷ lệ khấu trừ thuế GTGT sẽ bao gồm cả:
- Doanh thu từ hàng hóa, dịch vụ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT (nếu có),
theo quy định tại khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT năm 2024 đã được sửa đổi, bổ sung năm 2025.
Nghĩa vụ của người nộp thuế từ ngày 01/7/2026 theo Luật Quản lý thuế 2025
Theo khoản 2 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2026), người nộp thuế sẽ phải thực hiện đầy đủ nhiều nghĩa vụ quan trọng trong quá trình kê khai, nộp và quản lý thuế. Các nghĩa vụ cụ thể bao gồm:
- Thực hiện đăng ký thuế và sử dụng mã số thuế đúng theo quy định pháp luật;
- Kê khai thuế đầy đủ, trung thực, chính xác và nộp hồ sơ đúng thời hạn; đồng thời chịu trách nhiệm trước pháp luật đối với toàn bộ nội dung hồ sơ thuế và tài liệu cung cấp cho cơ quan thuế;
- Nộp đầy đủ, đúng hạn các khoản thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp và các khoản phải thu khác. Trường hợp cơ quan thuế đã cấp mã định danh khoản phải nộp thì người nộp thuế phải thực hiện nộp theo mã định danh này;
- Tuân thủ đầy đủ các quy định về kế toán, thống kê, hóa đơn và chứng từ;
- Ghi chép trung thực, chính xác và đầy đủ các hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế, hoạt động khấu trừ thuế cũng như các giao dịch phải kê khai thông tin thuế;
- Lập hóa đơn, chứng từ và giao cho khách hàng đúng chủng loại, số lượng và giá trị thanh toán thực tế khi bán hàng hóa hoặc cung cấp dịch vụ;
- Cung cấp đầy đủ, chính xác và kịp thời các thông tin, tài liệu phục vụ việc xác định nghĩa vụ thuế dưới hình thức giấy hoặc điện tử; đồng thời phối hợp cung cấp thông tin phục vụ trao đổi với cơ quan thuế nước ngoài theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam tham gia;
- Thực hiện nghiêm các quyết định, thông báo và yêu cầu từ cơ quan quản lý thuế hoặc công chức thuế theo quy định;
- Chịu trách nhiệm đối với toàn bộ nghĩa vụ thuế, kể cả trường hợp người đại diện pháp luật hoặc người được ủy quyền thực hiện thủ tục thuế sai quy định;
- Chủ động vận hành hạ tầng kỹ thuật để thực hiện giao dịch điện tử và kết nối dữ liệu nghĩa vụ thuế với cơ quan quản lý thuế;
- Sử dụng đúng mục đích các hàng hóa, dịch vụ thuộc diện miễn thuế hoặc không chịu thuế theo nội dung kê khai; nếu thay đổi mục đích sử dụng thì phải kê khai lại và nộp bổ sung các khoản phát sinh;
- Đối với người nộp thuế có giao dịch liên kết, phải thực hiện lập, lưu trữ và cung cấp hồ sơ liên quan đến giao dịch liên kết và các bên liên kết, kể cả ở nước ngoài;
- Doanh nghiệp xã hội có trách nhiệm kê khai trung thực các khoản thu từ hợp tác, tài trợ hoặc hợp đồng với tổ chức, cá nhân nước ngoài sử dụng cho mục tiêu xã hội và môi trường;
- Người nộp thuế phải chấp hành quyết định ấn định thuế của cơ quan thuế. Trường hợp không đồng ý vẫn phải nộp đủ số tiền theo quyết định trước, đồng thời có quyền yêu cầu giải thích, khiếu nại hoặc khởi kiện theo quy định pháp luật;
- Khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế, người nộp thuế có trách nhiệm phối hợp, cung cấp đầy đủ tài liệu, giải trình thông tin, ký biên bản kiểm tra đúng thời hạn và chấp hành kết luận xử lý sau kiểm tra.
9 trường hợp bị cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế từ ngày 01/7/2026
Điều 48 Luật Quản lý thuế 2025 quy định 09 trường hợp người nộp thuế có thể bị áp dụng biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế kể từ ngày 01/7/2026, bao gồm:
1. Nợ thuế quá hạn trên 90 ngày
Người nộp thuế có khoản thuế nợ quá 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp theo quy định sẽ bị cưỡng chế.
2. Hết thời gian gia hạn nhưng vẫn chưa nộp thuế
Trường hợp đã được gia hạn nộp thuế nhưng quá thời hạn gia hạn vẫn chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì sẽ thuộc diện cưỡng chế.
3. Không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc có dấu hiệu tẩu tán tài sản
Người nộp thuế có nợ thuế nhưng:
- Không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; hoặc
- Có hành vi phát tán, che giấu tài sản
cũng sẽ bị áp dụng biện pháp cưỡng chế thuế.
4. Không chấp hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế
Nếu người nộp thuế không thực hiện quyết định xử phạt đúng thời hạn, trừ trường hợp được hoãn hoặc tạm đình chỉ thi hành, cơ quan thuế có quyền cưỡng chế thi hành.
5. Không chấp hành quyết định kiểm tra thuế
Người nộp thuế đã bị xử phạt do không chấp hành quyết định kiểm tra thuế nhưng vẫn tiếp tục vi phạm sẽ bị áp dụng biện pháp cưỡng chế.
6. Trường hợp được nộp dần tiền thuế nợ
Luật quy định chưa áp dụng cưỡng chế đối với:
- Khoản nợ thuế được miễn tính tiền chậm nộp;
- Trường hợp được phép nộp dần tiền thuế trong thời hạn tối đa 12 tháng;
với điều kiện phải có bảo lãnh của tổ chức tín dụng và được cơ quan thuế chấp thuận.
7. Nợ phí hải quan và lệ phí quá cảnh
Không áp dụng biện pháp cưỡng chế đối với người nộp thuế còn nợ phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh theo quy định.
8. Nợ thuế đang được xử lý bù trừ hoàn thuế
Cơ quan thuế sẽ không thực hiện cưỡng chế đối với khoản nợ thuế đang trong quá trình bù trừ bằng tiền hoàn thuế của người nộp thuế.
9. Các trường hợp khác theo quyết định của cơ quan thuế
Tùy tình hình thực tế, thủ trưởng cơ quan quản lý thuế có quyền quyết định áp dụng biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về thuế theo quy định pháp luật.
Lưu ý quan trọng
Luật Quản lý thuế 2025 sẽ chính thức có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, ngoại trừ quy định tại khoản 2 Điều 52 được áp dụng theo thời điểm riêng được luật quy định.
Kết luận
Những thay đổi về khấu trừ thuế giá trị gia tăng theo Nghị định 144/2026 cho thấy xu hướng siết chặt hơn trong công tác quản lý hóa đơn, chứng từ và điều kiện khấu trừ thuế nhằm tăng tính minh bạch trong hoạt động tài chính – kế toán của doanh nghiệp. Việc cập nhật kịp thời các quy định mới không chỉ giúp doanh nghiệp thực hiện đúng nghĩa vụ thuế mà còn hạn chế tối đa các rủi ro liên quan đến truy thu, xử phạt hoặc loại trừ chi phí trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.
Trong bối cảnh chính sách thuế liên tục thay đổi để phù hợp với thực tiễn kinh doanh hiện nay, doanh nghiệp cần chủ động rà soát quy trình kế toán, thanh toán và lưu trữ chứng từ để đáp ứng đầy đủ điều kiện khấu trừ theo quy định mới. Hy vọng rằng những thông tin trong bài viết sẽ giúp bạn hiểu rõ hơn về các cập nhật quan trọng của Nghị định 144/2026, từ đó áp dụng hiệu quả vào công tác quản lý thuế và vận hành doanh nghiệp một cách an toàn, minh bạch và tối ưu hơn.
Tư vấn Thuế HD là đơn vị chuyên cung cấp dịch vụ tư vấn thuế toàn diện, mang đến giải pháp chuyên nghiệp cho doanh nghiệp và cá nhân trong mọi vấn đề liên quan đến thuế. Với đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc hệ thống pháp luật thuế và luôn cập nhật nhanh chóng các chính sách mới nhất, công ty cung cấp đầy đủ các dịch vụ như: tư vấn chính sách thuế, kê khai – báo cáo thuế định kỳ, quyết toán thuế, hoàn thuế, rà soát hồ sơ, kiểm soát rủi ro và hỗ trợ làm việc với cơ quan thuế khi phát sinh thanh tra, kiểm tra. Không chỉ chú trọng tính chính xác và tuân thủ pháp luật, Tư vấn Thuế HD còn giúp khách hàng tối ưu nghĩa vụ thuế hợp pháp, tiết kiệm thời gian, chi phí và nâng cao hiệu quả quản trị tài chính. Với phương châm làm việc tận tâm, minh bạch và lấy lợi ích khách hàng làm trọng tâm, công ty luôn là đối tác đáng tin cậy đồng hành cùng sự phát triển bền vững của doanh nghiệp.
Thông tin:
- Website: tuvanthuehd.com
- Địa chỉ: Lô a2d11 Khu đô thị mới Cầu Giấy, số 3 ngõ 84 đường Trần Thái Tông, Phường Cầu Giấy, Thành Phố Hà Nội, Việt Nam.
- SĐT: 036.825.6731 – 034. 943.2286
- Email: [email protected]
