Khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) là một trong những quyền lợi quan trọng giúp doanh nghiệp giảm bớt gánh nặng chi phí thuế trong quá trình hoạt động sản xuất – kinh doanh. Tuy nhiên, để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp cần đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định của pháp luật về hóa đơn, chứng từ và phương thức thanh toán. Từ ngày 20/6/2026, nhiều quy định mới liên quan đến điều kiện khấu trừ thuế GTGT chính thức được áp dụng, kéo theo không ít thay đổi mà doanh nghiệp, kế toán và hộ kinh doanh cần đặc biệt lưu ý.
Những cập nhật lần này không chỉ tác động trực tiếp đến quy trình kê khai thuế mà còn ảnh hưởng đến việc quản lý chứng từ, thanh toán và kiểm soát rủi ro tài chính trong doanh nghiệp. Nếu không kịp thời nắm bắt và áp dụng đúng quy định mới, doanh nghiệp có thể đối mặt với nguy cơ bị loại chi phí, không được khấu trừ thuế hoặc phát sinh xử phạt trong quá trình thanh tra thuế. Trong bài viết dưới đây, hãy cùng tìm hiểu chi tiết các quy định mới về điều kiện khấu trừ thuế GTGT áp dụng từ ngày 20/6/2026 và những vấn đề cần lưu ý để thực hiện đúng theo quy định hiện hành.
Chính phủ đã ban hành Nghị định 144/2026/NĐ-CP nhằm sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng, đồng thời cập nhật theo các quy định mới tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP.
Điều chỉnh quy định về khấu trừ thuế GTGT áp dụng từ ngày 20/6/2026
Theo Nghị định 144/2026/NĐ-CP, một số nội dung quan trọng liên quan đến khấu trừ thuế GTGT tại khoản 2 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung như sau:
1. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, bao gồm cả phần thuế đầu vào của hàng hóa bị tổn thất không được bồi thường hoặc hao hụt tự nhiên trong quá trình vận chuyển.
Tuy nhiên, doanh nghiệp phải có đầy đủ hồ sơ chứng minh tổn thất. Trường hợp pháp luật quy định định mức hao hụt tự nhiên thì chỉ được khấu trừ đối với phần hao hụt nằm trong định mức cho phép; phần vượt định mức sẽ không được khấu trừ.
2. Khấu trừ thuế GTGT đối với hoạt động vừa chịu thuế vừa không chịu thuế
Đối với hàng hóa, dịch vụ hoặc tài sản cố định sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT, cơ sở kinh doanh chỉ được khấu trừ phần thuế đầu vào phục vụ hoạt động chịu thuế.
Doanh nghiệp phải hạch toán riêng phần thuế được khấu trừ và không được khấu trừ. Nếu không thể tách riêng, số thuế được khấu trừ sẽ xác định theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế GTGT trên tổng doanh thu phát sinh trong kỳ tính thuế.
Trong đó, tổng doanh thu bao gồm:
- Doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT;
- Doanh thu hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT;
- Giá trị gia tăng từ hoạt động vàng, bạc, đá quý (trừ trường hợp âm);
- Doanh thu từ các hoạt động quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
Riêng đối với tổ chức tín dụng, doanh nghiệp bảo hiểm hoặc hoạt động chứng khoán, doanh thu được xác định theo quy định chuyên ngành tương ứng.
3. Quy định với dự án đầu tư hỗn hợp
Đối với dự án đầu tư vừa phục vụ hoạt động chịu thuế vừa phục vụ hoạt động không chịu thuế GTGT, thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng được tạm khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu dự kiến.
Sau khi dự án đi vào hoạt động, doanh nghiệp phải điều chỉnh lại số thuế đã khấu trừ trong vòng 03 năm kể từ năm đầu tiên phát sinh doanh thu thực tế. Nếu việc điều chỉnh làm giảm số thuế đã được hoàn thì doanh nghiệp phải hoàn trả phần chênh lệch cho ngân sách nhà nước nhưng không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Ngoài ra, doanh thu chịu thuế GTGT dùng để tính tỷ lệ khấu trừ còn bao gồm cả doanh thu của hàng hóa, dịch vụ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo quy định tại Luật Thuế GTGT 2024 sửa đổi.
4. Khấu trừ thuế đối với viện trợ nhân đạo
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn viện trợ nhân đạo hoặc viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ.
5. Hoạt động dầu khí được khấu trừ toàn bộ thuế đầu vào
Thuế GTGT đầu vào phát sinh từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ theo quy định mới.
6. Thời điểm kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng hoặc quý nào sẽ được kê khai, khấu trừ ngay trong kỳ tính thuế đó, không phụ thuộc hàng hóa đã đưa vào sử dụng hay còn tồn kho.
Nếu chưa khấu trừ hết thì được chuyển sang kỳ tiếp theo.
7. Xử lý sai sót khi kê khai thuế GTGT đầu vào
Trường hợp phát hiện kê khai sai hoặc thiếu sót trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra:
- Nếu sai sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì người nộp thuế phải kê khai bổ sung tại kỳ phát sinh sai sót và nộp đủ số thuế chênh lệch cùng tiền chậm nộp (nếu có).
- Nếu sai sót làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ ảnh hưởng đến số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì được kê khai điều chỉnh tại thời điểm phát hiện sai sót.
8. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa dùng để biếu, tặng, khuyến mại
Doanh nghiệp vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa dùng cho mục đích cho, biếu, tặng, quảng cáo hoặc khuyến mại, kể cả hàng tự sản xuất.
9. Thuế GTGT theo quyết định ấn định của hải quan
Số thuế GTGT đã nộp theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được phép khấu trừ toàn bộ, ngoại trừ trường hợp bị xử lý do hành vi gian lận hoặc trốn thuế.
10. Khấu trừ thuế đối với Ban Quản lý dự án, chi nhánh
Trường hợp doanh nghiệp giao Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh trực tiếp quản lý dự án đầu tư thì đơn vị này được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn đứng tên doanh nghiệp. Khi đó, doanh nghiệp mẹ sẽ không được khấu trừ lại phần thuế này.
11. Chuyển đổi phương pháp tính thuế
- Doanh nghiệp chuyển từ phương pháp trực tiếp sang khấu trừ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào phát sinh từ kỳ đầu tiên áp dụng phương pháp khấu trừ.
- Ngược lại, khi chuyển từ phương pháp khấu trừ sang trực tiếp, phần thuế GTGT chưa khấu trừ hết được tính vào chi phí hợp lý hoặc nguyên giá tài sản cố định theo quy định thuế TNDN, trừ trường hợp thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên.
12. Hàng hóa chuyển từ không chịu thuế sang chịu thuế GTGT
Đối với hàng hóa, dịch vụ trước đây không chịu thuế nhưng chuyển sang diện chịu thuế theo Luật Thuế GTGT 2024, doanh nghiệp chỉ được kê khai khấu trừ thuế đầu vào phát sinh từ ngày 01/7/2025.
13. Các trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Một số tài sản cố định, máy móc, thiết bị không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:
- Tài sản phục vụ sản xuất quốc phòng, an ninh;
- Tài sản của tổ chức tín dụng, doanh nghiệp bảo hiểm nhân thọ, tái bảo hiểm, chứng khoán, cơ sở y tế, giáo dục;
- Máy bay, trực thăng, du thuyền dân dụng không phục vụ kinh doanh vận tải, du lịch hoặc khách sạn.
Quy định này cũng áp dụng đối với chi phí thuê và sửa chữa các tài sản nêu trên.
14. Văn phòng tổng công ty và đơn vị hành chính sự nghiệp trực thuộc
Các đơn vị không trực tiếp kinh doanh như bệnh viện, trường học, viện nghiên cứu, nhà nghỉ điều dưỡng… thuộc tổng công ty hoặc tập đoàn sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hoạt động nội bộ.
Nếu có phát sinh hoạt động kinh doanh chịu thuế GTGT thì phải đăng ký và kê khai thuế riêng.
15. Không đủ điều kiện khấu trừ sẽ không được khấu trừ thuế
Các cơ sở kinh doanh không đáp ứng điều kiện khấu trừ theo quy định hoặc sử dụng hóa đơn, chứng từ phát sinh từ hành vi bị cấm theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
16. Xử lý phần thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ
Phần thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định.
Tuy nhiên, quy định này không áp dụng với hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từ 05 triệu đồng trở lên nhưng không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Quy định về phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng
Chính phủ đã ban hành Nghị định 144/2026/NĐ-CP nhằm sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng, đồng thời cập nhật các quy định đã được điều chỉnh tại Nghị định 359/2025/NĐ-CP.
Sửa đổi quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng từ ngày 20/6/2026
Theo nội dung mới, Nghị định 144/2026/NĐ-CP đã điều chỉnh điểm a và bổ sung điểm c khoản 2 Điều 23 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP liên quan đến nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT. Cụ thể như sau:
– Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, bao gồm cả phần thuế đầu vào của hàng hóa bị tổn thất không được bồi thường hoặc hao hụt tự nhiên trong quá trình vận chuyển do đặc tính lý hóa. Tuy nhiên, cơ sở kinh doanh phải có đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh thiệt hại thực tế. Đối với trường hợp pháp luật quy định định mức hao hụt tự nhiên, phần thuế GTGT tương ứng với mức hao hụt vượt định mức sẽ không được khấu trừ.
– Trường hợp hàng hóa, dịch vụ (bao gồm cả tài sản cố định) được sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ phần thuế đầu vào liên quan đến hoạt động chịu thuế. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng số thuế được khấu trừ và không được khấu trừ; nếu không thể tách riêng thì phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu phát sinh trong kỳ.
Trong đó:
- Tổng doanh thu dùng làm căn cứ phân bổ bao gồm doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT; doanh thu không chịu thuế; giá trị gia tăng từ hoạt động mua bán, chế tác vàng bạc, đá quý (trừ trường hợp âm) và doanh thu của các hoạt động quy định tại khoản 2 Điều 40 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
- Đối với tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, doanh thu được xác định theo pháp luật về tổ chức tín dụng; doanh thu từ hoạt động chứng khoán xác định theo pháp luật về chứng khoán; doanh thu từ kinh doanh bảo hiểm xác định theo pháp luật về kinh doanh bảo hiểm.
- Với các dự án đầu tư vừa phục vụ hoạt động chịu thuế vừa phục vụ hoạt động không chịu thuế GTGT, số thuế đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu dự kiến. Sau đó, doanh nghiệp phải điều chỉnh lại theo doanh thu thực tế trong vòng 03 năm kể từ năm đầu tiên phát sinh doanh thu. Nếu việc điều chỉnh làm giảm số thuế đã được hoàn thì doanh nghiệp phải nộp lại phần chênh lệch vào ngân sách nhà nước nhưng không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
- Doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT còn bao gồm cả doanh thu của hàng hóa không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 đã được sửa đổi, bổ sung năm 2025.
– Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán cho các tổ chức, cá nhân sử dụng nguồn viện trợ nhân đạo hoặc viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ.
– Thuế GTGT đầu vào phát sinh từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò và phát triển mỏ dầu khí cũng được khấu trừ toàn bộ theo quy định.
– Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng hoặc quý nào được kê khai, khấu trừ ngay trong kỳ đó, không phụ thuộc việc hàng hóa đã đưa vào sử dụng hay còn tồn kho. Phần thuế chưa khấu trừ hết được chuyển sang kỳ tiếp theo.
– Khi phát hiện sai sót trong việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, người nộp thuế được phép khai bổ sung trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế.
- Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì người nộp thuế phải kê khai bổ sung tại kỳ phát sinh sai sót, đồng thời nộp đủ phần thuế tăng thêm và tiền chậm nộp (nếu có).
- Nếu việc điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm thay đổi số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì được kê khai tại thời điểm phát hiện sai sót.
– Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa dùng để cho, biếu, tặng, quảng cáo hoặc khuyến mại vẫn được khấu trừ theo quy định.
– Số thuế GTGT đã nộp theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn bộ, ngoại trừ trường hợp bị xử phạt do hành vi gian lận hoặc trốn thuế.
– Khi cơ sở kinh doanh giao Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh trực tiếp quản lý dự án đầu tư và thực hiện kê khai thuế, Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh được quyền khấu trừ thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn mang tên cơ sở kinh doanh. Trong trường hợp này, cơ sở kinh doanh không được khấu trừ lại phần thuế đã được kê khai.
– Cơ sở kinh doanh chuyển từ phương pháp tính thuế trực tiếp sang phương pháp khấu trừ được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh từ kỳ đầu tiên áp dụng phương pháp khấu trừ.
– Ngược lại, trường hợp chuyển từ phương pháp khấu trừ sang phương pháp trực tiếp thì phần thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế hoặc được tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định pháp luật, trừ các khoản thanh toán từ 05 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
– Đối với hàng hóa, dịch vụ chuyển từ diện không chịu thuế sang chịu thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT 2024, doanh nghiệp chỉ được kê khai, khấu trừ thuế đầu vào phát sinh kể từ ngày 01/7/2025.
– Một số trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị gồm:
- Tài sản phục vụ riêng cho sản xuất quốc phòng, an ninh;
- Tài sản của tổ chức tín dụng, doanh nghiệp tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, doanh nghiệp chứng khoán, cơ sở khám chữa bệnh và cơ sở đào tạo;
- Máy bay, trực thăng, tàu lượn dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận tải, du lịch hoặc khách sạn.
Quy định này cũng áp dụng đối với chi phí thuê và sửa chữa các tài sản nêu trên.
– Văn phòng tổng công ty, tập đoàn và các đơn vị sự nghiệp trực thuộc không trực tiếp hoạt động kinh doanh như bệnh viện, trường học, viện nghiên cứu, nhà điều dưỡng… sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào cho hoạt động của các đơn vị này, trừ trường hợp có hoạt động kinh doanh chịu thuế và thực hiện kê khai riêng.
– Cơ sở kinh doanh không đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế theo quy định hoặc sử dụng hóa đơn, chứng từ phát sinh từ các hành vi bị cấm theo Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
– Đối với phần thuế GTGT đầu vào không đủ điều kiện khấu trừ, doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc tính vào nguyên giá tài sản cố định theo quy định pháp luật. Tuy nhiên, quy định này không áp dụng với các khoản thanh toán từ 05 triệu đồng trở lên không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Kết luận
Việc cập nhật và tuân thủ đúng các điều kiện khấu trừ thuế GTGT theo quy định mới từ ngày 20/6/2026 là yêu cầu quan trọng đối với mọi doanh nghiệp và hộ kinh doanh trong quá trình quản lý tài chính – kế toán. Những thay đổi liên quan đến hóa đơn, chứng từ thanh toán và điều kiện khấu trừ không chỉ nhằm tăng cường tính minh bạch trong hoạt động thuế mà còn góp phần hạn chế các hành vi gian lận và sai sót trong kê khai thuế.
Trong bối cảnh hệ thống pháp luật thuế ngày càng được hoàn thiện và siết chặt hơn, doanh nghiệp cần chủ động rà soát quy trình kế toán nội bộ, kiểm tra tính hợp lệ của chứng từ và cập nhật kịp thời các quy định mới để tránh các rủi ro phát sinh. Hy vọng rằng bài viết đã giúp bạn hiểu rõ hơn về những điểm thay đổi quan trọng trong điều kiện khấu trừ thuế GTGT từ ngày 20/6/2026, từ đó áp dụng hiệu quả vào thực tế hoạt động kinh doanh và quản trị thuế của doanh nghiệp mình.
Tư vấn Thuế HD là đơn vị chuyên cung cấp dịch vụ tư vấn thuế toàn diện, mang đến giải pháp chuyên nghiệp cho doanh nghiệp và cá nhân trong mọi vấn đề liên quan đến thuế. Với đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm, am hiểu sâu sắc hệ thống pháp luật thuế và luôn cập nhật nhanh chóng các chính sách mới nhất, công ty cung cấp đa dạng dịch vụ như: tư vấn chính sách thuế, kê khai – báo cáo thuế định kỳ, quyết toán thuế, hoàn thuế, rà soát hồ sơ, kiểm soát rủi ro và hỗ trợ làm việc với cơ quan thuế khi phát sinh thanh tra, kiểm tra. Không chỉ chú trọng tính chính xác và tuân thủ pháp luật, Tư vấn Thuế HD còn đồng hành cùng khách hàng trong việc tối ưu nghĩa vụ thuế hợp pháp, tiết kiệm thời gian, chi phí và nâng cao hiệu quả quản trị tài chính. Với phương châm làm việc chuyên nghiệp, minh bạch và tận tâm, công ty luôn nỗ lực trở thành đối tác đáng tin cậy, góp phần tạo nền tảng vững chắc cho sự phát triển bền vững của doanh nghiệp.
Thông tin:
- Website: tuvanthuehd.com
- Địa chỉ: Lô a2d11 Khu đô thị mới Cầu Giấy, số 3 ngõ 84 đường Trần Thái Tông, Phường Cầu Giấy, Thành Phố Hà Nội, Việt Nam.
- SĐT: 036.825.6731 – 034. 943.2286
- Email: [email protected]
