Theo khoản 8 Điều 18 Thông tư 78/2014/TT-BTC có nêu như sau:
Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:
- Trong thời gian được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu trong năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại các Khoản 7, 8 và Khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập nghiệp doanh nghiệp và quy định tại Điều 19 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi trong năm tính thuế đó mà phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất phổ thông và năm đó sẽ tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế của doanh nghiệp.
Theo đó, cần xác định đơn vị đang thuộc diện hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo trường hợp nào và việc thay đổi cơ quan thuế quản lý có khiến đơn vị không đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế đang hưởng hay không?
Nếu việc thay đổi cơ quan thuế quản lý mà đơn vị vẫn đáp ứng các điều kiện được hưởng ưu đãi thì vẫn tiếp tục như bình thường, còn nếu thay đổi khiến đơn vị không còn đáp ứng điều kiện thì không tiếp tục hưởng ưu đãi.
Ví dụ ưu đãi thuế theo địa bàn, khi thay đổi cơ quan thuế quản lý tức đã thay đổi địa bàn kinh doanh, nếu địa bàn mới không thuộc trường hợp được ưu đãi thuế như cũ thì đơn vị không thể tiếp tục hưởng ưu đãi như ở địa bàn cũ được.