Khi thực hiện tổ chức lại tổ chức, như chia, tách, hợp nhất, sáp nhập hoặc chuyển đổi, không chỉ cơ cấu và tư cách pháp lý của tổ chức có sự thay đổi mà thông tin đăng ký thuế cũng có thể phải được cập nhật, điều chỉnh. Đây là nội dung quan trọng bởi việc xác định đúng chủ thể kế thừa quyền, nghĩa vụ thuế và tình trạng mã số thuế có liên quan trực tiếp đến quá trình kê khai, nộp thuế và thực hiện các thủ tục hành chính sau khi tổ chức lại.
Đáng chú ý, từ 01/7/2026, các quy định mới về quản lý và đăng ký thuế đặt ra một số nội dung mà tổ chức cần lưu ý khi thực hiện tổ chức lại. Vậy quy định mới có gì khác so với trước đây? Trường hợp nào phải thay đổi thông tin đăng ký thuế, chấm dứt hoặc sử dụng mã số thuế như thế nào sau khi tổ chức lại? Bài viết dưới đây sẽ phân tích những điểm đáng chú ý, giúp tổ chức dễ dàng nhận diện sự thay đổi và chủ động thực hiện đúng thủ tục thuế.
Điểm mới về đăng ký thuế đối với trường hợp tổ chức lại tổ chức được quy định thế nào theo Công văn 4862?
Một trong những nội dung đáng chú ý về đăng ký thuế được Cục Thuế giới thiệu khi triển khai Thông tư 90/2026/TT-BTC là quy định mới đối với trường hợp tổ chức lại tổ chức. Nội dung này được nêu tại tiểu mục 4.5 Mục 4 Phụ lục ban hành kèm theo Công văn 4862/CT-CS năm 2026.
Theo đó, khoản 5 Điều 19 Thông tư 90/2026/TT-BTC đã bổ sung quy định về đăng ký thuế trong trường hợp chuyển đổi loại hình tổ chức.
Quy định trước đây
Trước khi Thông tư 90/2026/TT-BTC được ban hành, Thông tư 86/2024/TT-BTC chưa có quy định cụ thể về thủ tục đăng ký thuế đối với trường hợp chuyển đổi loại hình tổ chức.
Trong thực tế, cơ quan thuế căn cứ nguyên tắc giữ nguyên mã số thuế khi chuyển đổi để hướng dẫn người nộp thuế thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế theo quy định.
Quy định mới
So với quy định trước đây, Thông tư 90/2026/TT-BTC đã bổ sung quy định riêng về đăng ký thuế khi tổ chức thực hiện chuyển đổi loại hình tổ chức. Đây là nội dung mới được Cục Thuế lưu ý tại Công văn 4862/CT-CS năm 2026 nhằm hướng dẫn việc triển khai thống nhất quy định về đăng ký thuế.
Như vậy, khi tổ chức thực hiện chuyển đổi loại hình, người nộp thuế cần căn cứ quy định mới tại Thông tư 90/2026/TT-BTC để thực hiện thủ tục đăng ký thuế phù hợp, thay vì chỉ áp dụng nguyên tắc xử lý thông tin như trước đây.
Đăng ký thuế trong trường hợp tổ chức lại tổ chức theo Thông tư 90/2026/TT-BTC cụ thể ra sao?
Từ ngày 01/7/2026, việc đăng ký thuế khi tổ chức thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi loại hình được thực hiện theo quy định tại Mục 6 Chương II Thông tư 90/2026/TT-BTC. Tùy từng hình thức tổ chức lại, người nộp thuế có thể phải chấm dứt hiệu lực mã số thuế, đăng ký mã số thuế mới hoặc tiếp tục sử dụng mã số thuế đã được cấp.
Cụ thể, Điều 19 và Điều 20 Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định như sau:
1. Đăng ký thuế khi chia tổ chức
Đối với tổ chức bị chia
Khi thực hiện chia tổ chức, tổ chức bị chia phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định tại Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau khi tiếp nhận hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế căn cứ hồ sơ để thực hiện trình tự, thủ tục chấm dứt mã số thuế của tổ chức bị chia theo quy định tại Điều 13, Điều 14 và Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đối với các tổ chức mới được chia
Các tổ chức được thành lập từ tổ chức bị chia phải thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Trên cơ sở hồ sơ đăng ký thuế của tổ chức mới, cơ quan thuế thực hiện các bước cần thiết để cấp mã số thuế cho người nộp thuế theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
2. Đăng ký thuế khi tách tổ chức
Đối với tổ chức bị tách
Nếu sau khi tách, tổ chức bị tách có thay đổi thông tin đăng ký thuế thì phải thực hiện thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Thời hạn thực hiện là 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Hồ sơ gồm:
- Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;
- Bản sao quyết định tách tổ chức hoặc văn bản tương đương;
- Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác.
Cơ quan thuế thực hiện thay đổi thông tin đăng ký thuế của tổ chức bị tách theo Điều 9 và Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Sau khi hoàn tất việc tách, tổ chức bị tách tiếp tục sử dụng mã số thuế đã được cấp trước đó để thực hiện các nghĩa vụ về thuế.
Đối với tổ chức được tách
Tổ chức được tách phải đăng ký thuế với cơ quan thuế theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Căn cứ hồ sơ đăng ký thuế, cơ quan thuế thực hiện thủ tục và trình tự cấp mã số thuế cho tổ chức được tách theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
3. Đăng ký thuế khi sáp nhập tổ chức
Đối với trường hợp sáp nhập, tổ chức nhận sáp nhập được giữ nguyên mã số thuế, trong khi các tổ chức bị sáp nhập phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
Đối với tổ chức bị sáp nhập
Tổ chức bị sáp nhập phải thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau khi nhận hồ sơ, cơ quan thuế thực hiện trình tự chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo quy định tại Điều 13, Điều 14 và Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đối với tổ chức nhận sáp nhập
Nếu việc sáp nhập làm thay đổi thông tin đăng ký thuế, tổ chức nhận sáp nhập phải thực hiện thủ tục thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc giấy tờ tương đương khác.
Hồ sơ gồm:
- Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST;
- Bản sao hợp đồng sáp nhập hoặc văn bản tương đương;
- Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác.
Cơ quan thuế thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế của tổ chức nhận sáp nhập theo Điều 9 và Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
4. Đăng ký thuế khi hợp nhất tổ chức
Đối với tổ chức bị hợp nhất
Các tổ chức bị hợp nhất phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Căn cứ hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế thực hiện thủ tục theo quy định tại Điều 13, Điều 14 và Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đối với tổ chức sau hợp nhất
Tổ chức được hình thành sau hợp nhất phải đăng ký thuế với cơ quan thuế theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế thực hiện thủ tục và trình tự cấp mã số thuế cho tổ chức sau hợp nhất theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
5. Đăng ký thuế khi chuyển đổi loại hình tổ chức
Một điểm mới đáng chú ý tại Thông tư 90/2026/TT-BTC là quy định cụ thể về đăng ký thuế khi chuyển đổi loại hình tổ chức.
Theo đó:
- Mã số thuế của tổ chức sau khi chuyển đổi loại hình được giữ nguyên.
- Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, tổ chức sau chuyển đổi phải thực hiện thủ tục thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
Hồ sơ gồm:
- Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế mẫu số 08-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;
- Bản sao quyết định chuyển đổi loại hình của tổ chức hoặc văn bản tương đương;
- Bản sao giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác.
Cơ quan thuế thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế của tổ chức sau chuyển đổi theo Điều 9 và Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Tổ chức sau chuyển đổi tiếp tục sử dụng mã số thuế đã được cấp trước đây để thực hiện nghĩa vụ thuế.
Đối với trường hợp chuyển đổi giữa các loại hình doanh nghiệp theo Luật Doanh nghiệp 2020 hoặc chuyển đổi từ tổ hợp tác thành hợp tác xã theo Luật Hợp tác xã 2023, cơ quan thuế cập nhật thông tin thay đổi khi nhận được giao dịch đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã do cơ quan đăng ký kinh doanh truyền sang.
Đăng ký thuế trong trường hợp chuyển đổi mô hình hoạt động
Ngoài việc tổ chức lại theo Điều 19, Điều 20 Thông tư 90/2026/TT-BTC còn quy định về đăng ký thuế khi chuyển đổi mô hình hoạt động.
1. Chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập hoặc ngược lại
Khi đơn vị phụ thuộc được chuyển thành đơn vị độc lập hoặc đơn vị độc lập được chuyển thành đơn vị phụ thuộc, đơn vị sau chuyển đổi phải đăng ký thuế để được cấp mã số thuế mới theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đồng thời, đơn vị độc lập hoặc đơn vị phụ thuộc trước khi chuyển đổi phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Căn cứ hồ sơ đăng ký thuế của đơn vị sau chuyển đổi, cơ quan thuế thực hiện thủ tục cấp mã số thuế theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đối với hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị trước chuyển đổi, cơ quan thuế thực hiện trình tự chấm dứt mã số thuế theo Điều 13, Điều 14 và Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
2. Chuyển đơn vị độc lập thành đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản khác
Trường hợp một đơn vị độc lập chuyển thành đơn vị phụ thuộc của một đơn vị chủ quản khác, đơn vị sau chuyển đổi được cấp mã số thuế 13 chữ số theo mã số thuế của đơn vị chủ quản mới.
Trước khi thực hiện chuyển đổi, đơn vị độc lập phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế theo Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau đó, đơn vị phụ thuộc thực hiện đăng ký thuế theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đồng thời, đơn vị chủ quản phải kê khai bổ sung đơn vị phụ thuộc mới thành lập vào bảng kê các đơn vị phụ thuộc mẫu số BK02-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC khi thực hiện thay đổi thông tin đăng ký thuế theo Điều 9 của Thông tư này.
Căn cứ hồ sơ đăng ký thuế, cơ quan thuế thực hiện thủ tục cấp mã số thuế cho đơn vị phụ thuộc theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Đối với mã số thuế của đơn vị độc lập trước chuyển đổi, cơ quan thuế thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực theo Điều 13, Điều 14 và Điều 15 của Thông tư.
3. Chuyển đơn vị phụ thuộc sang đơn vị chủ quản khác
Trường hợp một đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản cũ được chuyển thành đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản khác, đơn vị phụ thuộc cũ phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau đó, đơn vị phụ thuộc mới phải thực hiện đăng ký thuế theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đơn vị chủ quản mới đồng thời phải kê khai bổ sung đơn vị phụ thuộc mới thành lập vào bảng kê các đơn vị phụ thuộc mẫu số BK02-ĐKT khi thực hiện thay đổi thông tin đăng ký thuế theo Điều 9 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Trên cơ sở hồ sơ đăng ký thuế của đơn vị phụ thuộc mới, cơ quan thuế thực hiện thủ tục cấp mã số thuế theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Đối với mã số thuế của đơn vị phụ thuộc cũ, cơ quan thuế thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực theo Điều 13, Điều 14 và Điều 15 của Thông tư.
Phạm vi đăng ký thuế bao gồm những nội dung nào?
Để xác định đầy đủ các nội dung thuộc phạm vi đăng ký thuế, cần căn cứ Điều 10 Luật Quản lý thuế 2025.
Theo quy định này, đăng ký thuế không chỉ bao gồm việc đăng ký mã số thuế lần đầu mà còn bao quát nhiều thủ tục phát sinh trong suốt quá trình hoạt động của người nộp thuế. Cụ thể, phạm vi đăng ký thuế gồm:
- Đăng ký thuế lần đầu;
- Thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế;
- Thông báo khi tạm ngừng hoạt động, kinh doanh;
- Chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
- Khôi phục mã số thuế.
Luật Quản lý thuế 2025 cũng quy định về phương thức thực hiện đăng ký thuế. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã, tổ hợp tác, đơn vị phụ thuộc, tổ chức khác, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh thực hiện đăng ký thuế đồng thời với thủ tục đăng ký doanh nghiệp, đăng ký hợp tác xã, đăng ký liên hiệp hợp tác xã, đăng ký tổ hợp tác, đăng ký hộ kinh doanh hoặc đăng ký hoạt động, kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông.
Đối với các trường hợp không thuộc diện thực hiện theo cơ chế một cửa liên thông, người nộp thuế phải thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.
Bên cạnh đó, Luật Quản lý thuế 2025 giao Chính phủ quy định về thời hạn đăng ký thuế cũng như trách nhiệm của người nộp thuế, cơ quan quản lý thuế, cơ quan nhà nước, tổ chức và cá nhân có liên quan đến hoạt động đăng ký thuế. Bộ trưởng Bộ Tài chính có trách nhiệm quy định chi tiết khoản 1 và khoản 3 Điều 10 của Luật này.
Như vậy, xét về phạm vi, đăng ký thuế bao gồm 5 nhóm thủ tục chính: đăng ký thuế lần đầu; thông báo thay đổi thông tin đăng ký thuế; thông báo tạm ngừng hoạt động, kinh doanh; chấm dứt hiệu lực mã số thuế và khôi phục mã số thuế. Đây là cơ sở quan trọng để người nộp thuế xác định đúng thủ tục cần thực hiện khi có thay đổi trong quá trình hoạt động.
Kết luận
Quy định về đăng ký thuế khi tổ chức lại tổ chức có những nội dung cần được cập nhật để phù hợp với cơ chế quản lý thuế hiện hành. Việc chia, tách, hợp nhất, sáp nhập hoặc thay đổi hình thức tổ chức có thể kéo theo những thay đổi về thông tin đăng ký thuế, mã số thuế cũng như trách nhiệm thực hiện các nghĩa vụ thuế của tổ chức trước và sau khi tổ chức lại.
Vì vậy, tổ chức cần xác định chính xác hình thức tổ chức lại, đối chiếu tình trạng mã số thuế và nghĩa vụ thuế liên quan để lựa chọn thủ tục phù hợp. Nắm rõ điểm mới và sự khác biệt so với quy định trước đây sẽ giúp tổ chức hạn chế sai sót về hồ sơ, tránh gián đoạn trong quá trình kê khai, nộp thuế và bảo đảm việc chuyển giao quyền, nghĩa vụ thuế được thực hiện đầy đủ, đúng quy định.
Dịch vụ quyết toán thuế theo năm của Công ty Tư Vấn Thuế HD là giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện đầy đủ, chính xác các công việc liên quan đến quyết toán thuế định kỳ, đặc biệt là thuế thu nhập doanh nghiệp và các nghĩa vụ thuế có liên quan. Công tác quyết toán đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát nhiều hồ sơ, sổ sách, hóa đơn, chứng từ và số liệu kế toán, vì vậy việc có đơn vị chuyên môn đồng hành sẽ giúp hạn chế sai sót và giảm áp lực cho bộ phận kế toán.
Tư Vấn Thuế HD hỗ trợ doanh nghiệp rà soát số liệu, kiểm tra hồ sơ và chứng từ liên quan, xác định các khoản doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế và nghĩa vụ thuế; đồng thời hỗ trợ lập, kiểm tra và hoàn thiện hồ sơ quyết toán theo quy định. Trong quá trình thực hiện, những vấn đề có nguy cơ dẫn đến sai lệch số thuế phải nộp hoặc phát sinh rủi ro về thuế cũng được xem xét để doanh nghiệp có phương án xử lý phù hợp.
Sử dụng dịch vụ quyết toán thuế theo năm giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc kiểm soát nghĩa vụ thuế, tiết kiệm thời gian và hạn chế những rủi ro do kê khai, tổng hợp hoặc xử lý hồ sơ chưa chính xác. Nếu doanh nghiệp đang chuẩn bị quyết toán thuế hoặc cần rà soát lại số liệu trước khi thực hiện quyết toán, hãy liên hệ Công ty Tư Vấn Thuế HD để được tư vấn thuế và hỗ trợ chuyên nghiệp, kịp thời, phù hợp với tình hình thực tế của doanh nghiệp.
Thông tin:
- Website: tuvanthuehd.com
- Địa chỉ: Lô a2d11 Khu đô thị mới Cầu Giấy, số 3 ngõ 84 đường Trần Thái Tông, Phường Cầu Giấy, Thành Phố Hà Nội, Việt Nam.
- SĐT: 036.825.6731 – 034. 943.2286
- Email: [email protected]
