Việc chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập không chỉ làm thay đổi cách thức tổ chức và hoạt động của đơn vị mà còn kéo theo nhiều vấn đề liên quan đến đăng ký thuế, mã số thuế và nghĩa vụ kê khai với cơ quan thuế. Đặc biệt, từ năm 2026, các quy định mới về đăng ký thuế đặt ra yêu cầu doanh nghiệp cần chủ động rà soát hồ sơ, trình tự và thời hạn thực hiện để hạn chế sai sót trong quá trình chuyển đổi. Vậy khi chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập cần thực hiện thủ tục đăng ký thuế như thế nào? Hồ sơ gồm những giấy tờ gì và doanh nghiệp cần lưu ý gì để việc chuyển đổi được thực hiện đúng quy định? Bài viết dưới đây sẽ giúp làm rõ các nội dung này.
Hướng dẫn đăng ký thuế khi chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập theo Thông tư 90/2026/TT-BTC
Theo khoản 1 Điều 20 Thông tư 90/2026/TT-BTC, trường hợp đơn vị phụ thuộc được quyết định chuyển đổi thành đơn vị độc lập thì phải thực hiện đồng thời việc xử lý mã số thuế của đơn vị trước và sau khi chuyển đổi.
Cụ thể, đơn vị phụ thuộc sau khi chuyển thành đơn vị độc lập phải thực hiện đăng ký thuế để được cấp mã số thuế mới theo điểm a khoản 3 Điều 6 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Ngược lại, đơn vị phụ thuộc hoặc đơn vị độc lập trước khi chuyển đổi phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Sau khi tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế của đơn vị độc lập sau chuyển đổi, cơ quan thuế thực hiện trình tự, thủ tục để cấp mã số thuế theo Điều 8 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Đối với mã số thuế của đơn vị trước chuyển đổi, căn cứ hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, cơ quan thuế thực hiện thủ tục chấm dứt theo Điều 13, Điều 14 và Điều 15 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Như vậy, khi chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập, mã số thuế cũ của đơn vị trước chuyển đổi phải được chấm dứt hiệu lực, đồng thời đơn vị sau chuyển đổi phải thực hiện đăng ký thuế để được cấp mã số thuế mới.
Các trường hợp và hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế từ 01/7/2026 được quy định thế nào?
Từ ngày 01/7/2026, các trường hợp phải chấm dứt hiệu lực mã số thuế cũng như thành phần hồ sơ thực hiện thủ tục được quy định cụ thể tại Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Tùy thuộc vào việc người nộp thuế đăng ký thuế theo cơ chế một cửa liên thông hay đăng ký trực tiếp tại cơ quan thuế mà trường hợp chấm dứt mã số thuế và hồ sơ cần chuẩn bị sẽ có sự khác nhau.
1. Trường hợp đăng ký thuế cùng đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông
Người nộp thuế thực hiện đăng ký thuế đồng thời với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế khi thuộc một trong các trường hợp sau:
- Chấm dứt hoạt động kinh doanh, giải thể hoặc phá sản;
- Bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh;
- Bị chia, sáp nhập hoặc hợp nhất;
- Bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sau khi xác minh thực tế cho thấy người nộp thuế không còn hoạt động tại địa chỉ đăng ký của trụ sở chính, chi nhánh hoặc văn phòng đại diện.
2. Trường hợp đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế
Đối với người nộp thuế thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế, mã số thuế phải được chấm dứt hiệu lực khi xảy ra một trong các trường hợp sau:
- Chấm dứt hoạt động kinh doanh, giải thể hoặc phá sản; trường hợp tổ chức không kinh doanh thì không còn phát sinh nghĩa vụ thuế;
- Bị thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc giấy phép, văn bản tương đương;
- Bị chia, sáp nhập hoặc hợp nhất; đơn vị phụ thuộc chuyển thành đơn vị độc lập hoặc ngược lại; hoặc chuyển từ đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản này sang đơn vị phụ thuộc của đơn vị chủ quản khác;
- Bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký sau khi xác minh thực tế người nộp thuế không còn hoạt động tại trụ sở chính, chi nhánh hoặc văn phòng đại diện đã đăng ký;
- Nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài kết thúc hợp đồng;
- Người điều hành, doanh nghiệp liên doanh, tổ chức được Chính phủ Việt Nam giao nhiệm vụ tiếp nhận phần được chia của Việt Nam thuộc các mỏ dầu khí tại vùng chồng lấn; nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí; công ty mẹ – Tập đoàn Công nghiệp – Năng lượng Quốc gia Việt Nam đại diện nước chủ nhà nhận phần lãi được chia từ các hợp đồng dầu khí khi hợp đồng kết thúc. Trường hợp nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí chuyển nhượng toàn bộ quyền lợi tham gia hợp đồng dầu khí cũng thuộc diện chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
- Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử hoặc nền tảng số khác thuộc diện khấu trừ, nộp thay thuế theo điểm h.3 khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC nhưng không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán;
- Nhà cung cấp nước ngoài theo điểm đ khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam.
3. Nguyên tắc chấm dứt hiệu lực mã số thuế
Việc chấm dứt hiệu lực mã số thuế được thực hiện theo các nguyên tắc sau:
- Mã số thuế không được tiếp tục sử dụng theo quy định của pháp luật về quản lý thuế kể từ ngày cơ quan thuế thông báo chấm dứt hiệu lực;
- Mã số thuế của tổ chức sau khi đã chấm dứt hiệu lực không được cấp hoặc sử dụng lại, trừ trường hợp được cơ quan có thẩm quyền khôi phục mã số thuế;
- Khi doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác hoặc cá nhân chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì đồng thời phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế nộp thay;
- Trường hợp người nộp thuế là đơn vị chủ quản chấm dứt hiệu lực mã số thuế thì các đơn vị phụ thuộc của đơn vị đó cũng phải thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
4. Chấm dứt hoạt động đối với người nộp thuế đăng ký theo cơ chế một cửa liên thông
Người nộp thuế đăng ký thuế đồng thời với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông thực hiện thủ tục giải thể hoặc chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh theo quy định pháp luật về đăng ký kinh doanh.
Sau đó, cơ quan đăng ký kinh doanh có trách nhiệm chuyển thông tin cho cơ quan thuế để thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế, trong đó bao gồm:
- Thông tin về quyết định giải thể doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc thông báo tổ hợp tác đang thực hiện thủ tục chấm dứt hoạt động;
- Thông tin về việc giải thể doanh nghiệp, hợp tác xã; chấm dứt tồn tại của doanh nghiệp, hợp tác xã do chia, hợp nhất hoặc sáp nhập; chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của doanh nghiệp, hợp tác xã; chấm dứt hoạt động tổ hợp tác.
5. Hồ sơ của đơn vị phụ thuộc trước khi chấm dứt hoạt động
Trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh, đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp hoặc đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã phải gửi hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để thực hiện các thủ tục về thuế và hoàn thành nghĩa vụ thuế trong thời hạn theo Luật Doanh nghiệp, Luật Hợp tác xã và pháp luật có liên quan.
Nếu các luật và quy định có liên quan không xác định thời hạn nộp hồ sơ tại cơ quan thuế thì đơn vị phụ thuộc phải nộp hồ sơ trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày doanh nghiệp, hợp tác xã ban hành quyết định hoặc thông báo chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện, hoặc kể từ ngày có quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện.
Hồ sơ gồm:
- Văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo Mẫu số 24/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;
- Bản sao quyết định hoặc thông báo của doanh nghiệp, hợp tác xã về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện;
- Hoặc bản sao quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
6. Trường hợp đang bị thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký
Doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác, đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp hoặc đơn vị phụ thuộc của hợp tác xã đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký phải đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để thực hiện thủ tục về thuế và hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi nộp hồ sơ giải thể hoặc chấm dứt hoạt động tại cơ quan đăng ký kinh doanh.
Quy định này áp dụng đối với cả trường hợp giải thể tự nguyện và giải thể bắt buộc.
Hồ sơ gồm văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế Mẫu số 24/ĐKT và giấy tờ tương ứng với từng đối tượng:
Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã giải thể:
Bản sao một trong các giấy tờ sau:
- Nghị quyết hoặc quyết định giải thể doanh nghiệp;
- Nghị quyết giải thể hợp tác xã;
- Quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh của cơ quan đăng ký kinh doanh.
Đối với đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, hợp tác xã:
Bản sao một trong các giấy tờ:
- Quyết định hoặc thông báo của doanh nghiệp, hợp tác xã về việc chấm dứt hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện;
- Quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, văn phòng đại diện của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Đối với tổ hợp tác:
Bản sao một trong các giấy tờ:
- Biên bản họp thành viên tổ hợp tác về việc chấm dứt hoạt động;
- Quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký tổ hợp tác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
7. Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế đối với tổ chức đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế
Đối với tổ chức đăng ký thuế trực tiếp tại cơ quan thuế, hồ sơ cơ bản gồm văn bản đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế Mẫu số 24/ĐKT và các giấy tờ bổ sung tùy từng trường hợp.
Đối với tổ chức kinh tế, tổ chức khác thuộc điểm a, b, c, d, p khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC
Đối với đơn vị chủ quản, hồ sơ là bản sao một trong các giấy tờ:
- Quyết định giải thể;
- Quyết định chia;
- Hợp đồng hợp nhất;
- Hợp đồng sáp nhập;
- Quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động của cơ quan có thẩm quyền;
- Thông báo chấm dứt hoạt động;
- Quyết định chuyển đổi.
Nếu đơn vị chủ quản có các đơn vị phụ thuộc đã được cấp mã số thuế, đơn vị chủ quản phải gửi văn bản thông báo chấm dứt hoạt động cho các đơn vị phụ thuộc để yêu cầu thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi mã số thuế của đơn vị chủ quản được chấm dứt.
Trường hợp đơn vị phụ thuộc đã chấm dứt hiệu lực mã số thuế nhưng không có khả năng hoàn thành nghĩa vụ thuế với ngân sách nhà nước, đơn vị chủ quản phải gửi văn bản điện tử cam kết kế thừa toàn bộ nghĩa vụ thuế của đơn vị phụ thuộc đến cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc. Sau đó, đơn vị chủ quản tiếp tục thực hiện nghĩa vụ thuế của đơn vị phụ thuộc với cơ quan thuế theo quy định.
Đối với đơn vị phụ thuộc, hồ sơ là bản sao một trong các giấy tờ:
- Quyết định hoặc thông báo chấm dứt hoạt động đơn vị phụ thuộc;
- Quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động của đơn vị phụ thuộc do cơ quan có thẩm quyền ban hành.
Đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài và các đối tượng tham gia hợp đồng dầu khí
Đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài, người điều hành, doanh nghiệp liên doanh, tổ chức được Chính phủ Việt Nam giao nhiệm vụ tiếp nhận phần được chia của Việt Nam thuộc các mỏ dầu khí tại vùng chồng lấn, nhà thầu, nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí và công ty mẹ – Tập đoàn Công nghiệp – Năng lượng Quốc gia Việt Nam đại diện nước chủ nhà nhận phần lãi được chia từ hợp đồng dầu khí theo điểm g, i khoản 2 Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC, hồ sơ gồm:
- Bản sao bản thanh lý hợp đồng;
- Hoặc bản sao văn bản xác nhận chấm dứt hiệu lực hợp đồng dầu khí;
- Hoặc đối với nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí, bản sao văn bản về việc chuyển nhượng toàn bộ phần vốn góp tham gia hợp đồng dầu khí;
- Tài liệu chứng minh đã hoàn thành nghĩa vụ thuế tại Việt Nam.
Quy định này không áp dụng đối với nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài được cấp mã số thuế theo điểm e khoản 2 Điều 5 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
8. Hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế căn cứ vào quyết định, thông báo của cơ quan nhà nước có thẩm quyền
Tùy từng trường hợp, cơ quan thuế thực hiện chấm dứt hiệu lực mã số thuế trên cơ sở các quyết định, thông báo hoặc giấy tờ do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp, cụ thể:
- Thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc tuyên bố phá sản doanh nghiệp, hợp tác xã: quyết định thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc quyết định tuyên bố phá sản do cơ quan đăng ký kinh doanh chuyển đến cơ quan thuế thông qua hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh;
- Thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động: quyết định hoặc thông báo thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động hoặc văn bản tương đương do cơ quan cấp phép chuyển đến cơ quan thuế;
- Tuyên bố phá sản: quyết định tuyên bố phá sản của Tòa án được gửi đến cơ quan thuế;
- Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký: thông báo của cơ quan thuế về việc người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký theo quy định tại khoản 3 Điều 10 và Điều 16 Thông tư 90/2026/TT-BTC.
Như vậy, từ ngày 01/7/2026, Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định tương đối cụ thể cả đối tượng, trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế, nguyên tắc xử lý và thành phần hồ sơ tương ứng. Người nộp thuế cần xác định đúng hình thức đăng ký thuế và lý do chấm dứt để chuẩn bị hồ sơ phù hợp, đồng thời hoàn thành các nghĩa vụ thuế còn tồn tại trước khi thực hiện thủ tục chấm dứt hoạt động theo quy định.
Cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế và Thông báo mã số thuế cho tổ chức từ ngày 01/7/2026
Bên cạnh thủ tục đăng ký thuế khi chuyển đổi mô hình hoạt động, Thông tư 90/2026/TT-BTC cũng quy định cụ thể về việc cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế và Thông báo mã số thuế cho người nộp thuế là tổ chức đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế tại Điều 8.
1. Trường hợp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế
Đối với tổ chức đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế và không thuộc trường hợp phải cấp Thông báo mã số thuế nộp thay, cơ quan thuế cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế mẫu số 10-MST ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC.
2. Trường hợp được cấp Thông báo mã số thuế nộp thay
Đối với tổ chức nộp hồ sơ đăng ký thuế nhằm khấu trừ và nộp thay thuế theo khoản 6 Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC, cơ quan thuế cấp Thông báo mã số thuế nộp thay mẫu số 11-MST theo quy định.
3. Thời hạn xử lý và hình thức trả kết quả
Đối với hồ sơ đăng ký thuế lần đầu, cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, xử lý và trả kết quả là Giấy chứng nhận đăng ký thuế hoặc Thông báo mã số thuế bản điện tử trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ của người nộp thuế.
Kết quả điện tử được trả thông qua một trong các kênh gồm:
- Cổng Dịch vụ công quốc gia;
- Ứng dụng định danh quốc gia;
- Hệ thống thông tin quản lý thuế.
Đồng thời, cơ quan thuế gửi kết quả đến địa chỉ thư điện tử của người đại diện theo pháp luật của người nộp thuế theo thông tin đã đăng ký.
Đáng chú ý, Giấy chứng nhận đăng ký thuế và Thông báo mã số thuế bản điện tử được ký số bởi người có thẩm quyền hoặc được ký số của cơ quan thuế theo quy định pháp luật có giá trị pháp lý tương đương văn bản giấy.
Như vậy, từ ngày 01/7/2026, việc cấp kết quả đăng ký thuế cho tổ chức đăng ký trực tiếp với cơ quan thuế được thực hiện theo hướng điện tử hóa, với thời hạn xử lý 03 ngày làm việc kể từ khi cơ quan thuế nhận đủ hồ sơ hợp lệ.
Kết luận
Chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập là quá trình có thể phát sinh nhiều thay đổi về đăng ký thuế và quản lý mã số thuế, do đó doanh nghiệp cần thực hiện đúng hồ sơ, trình tự và thời hạn theo quy định hiện hành từ năm 2026. Việc chuẩn bị đầy đủ thông tin và xử lý kịp thời các thủ tục liên quan không chỉ giúp đơn vị nhanh chóng hoàn tất quá trình chuyển đổi mà còn hạn chế nguy cơ phát sinh vướng mắc trong quá trình kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế sau đó.
Hy vọng những thông tin trong bài viết đã giúp doanh nghiệp và kế toán có thêm cơ sở để chủ động thực hiện thủ tục đăng ký thuế khi chuyển đơn vị phụ thuộc thành đơn vị độc lập, bảo đảm đúng quy định và thuận lợi trong quá trình hoạt động.
Dịch vụ quyết toán thuế theo năm của Công ty Tư Vấn Thuế HD là giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện đầy đủ, chính xác các công việc liên quan đến quyết toán thuế định kỳ, đặc biệt là thuế thu nhập doanh nghiệp và các nghĩa vụ thuế có liên quan. Công tác quyết toán đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát nhiều hồ sơ, sổ sách, hóa đơn, chứng từ và số liệu kế toán, vì vậy việc có đơn vị chuyên môn đồng hành sẽ giúp hạn chế sai sót và giảm áp lực cho bộ phận kế toán.
Tư Vấn Thuế HD hỗ trợ doanh nghiệp rà soát số liệu, kiểm tra hồ sơ và chứng từ liên quan, xác định các khoản doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế và nghĩa vụ thuế; đồng thời hỗ trợ lập, kiểm tra và hoàn thiện hồ sơ quyết toán theo quy định. Trong quá trình thực hiện, những vấn đề có nguy cơ dẫn đến sai lệch số thuế phải nộp hoặc phát sinh rủi ro về thuế cũng được xem xét để doanh nghiệp có phương án xử lý phù hợp.
Sử dụng dịch vụ quyết toán thuế theo năm giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc kiểm soát nghĩa vụ thuế, tiết kiệm thời gian và hạn chế những rủi ro do kê khai, tổng hợp hoặc xử lý hồ sơ chưa chính xác. Nếu doanh nghiệp đang chuẩn bị quyết toán thuế hoặc cần rà soát lại số liệu trước khi thực hiện quyết toán, hãy liên hệ Công ty Tư Vấn Thuế HD để được tư vấn thuế và hỗ trợ chuyên nghiệp, kịp thời, phù hợp với tình hình thực tế của doanh nghiệp.
Thông tin:
- Website: tuvanthuehd.com
- Địa chỉ: Lô a2d11 Khu đô thị mới Cầu Giấy, số 3 ngõ 84 đường Trần Thái Tông, Phường Cầu Giấy, Thành Phố Hà Nội, Việt Nam.
- SĐT: 036.825.6731 – 034. 943.2286
- Email: [email protected]
