Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế là một trong những phương thức quan trọng để cơ quan thuế đánh giá thực tế việc chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp. Từ ngày 01/07/2026, các quy định mới về kiểm tra thuế được áp dụng, trong đó việc xác định trường hợp nào có thể bị kiểm tra tại trụ sở là vấn đề doanh nghiệp đặc biệt cần quan tâm. Nắm rõ các trường hợp này sẽ giúp doanh nghiệp chủ động rà soát hồ sơ, nhận diện rủi ro và chuẩn bị phương án làm việc phù hợp.
Vậy 9 trường hợp doanh nghiệp có thể bị kiểm tra thuế tại trụ sở từ ngày 01/07/2026 là những trường hợp nào? Việc kiểm tra được thực hiện dựa trên dấu hiệu, mức độ rủi ro hay những căn cứ nào khác? Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì để hạn chế sai sót khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra? Bài viết dưới đây sẽ tổng hợp cụ thể các trường hợp doanh nghiệp cần biết và những lưu ý quan trọng trong quá trình thực hiện.
9 trường hợp cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế từ ngày 01/07/2026
Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 2025 chính thức áp dụng, kéo theo nhiều thay đổi đáng chú ý trong hoạt động kiểm tra thuế. Một trong những nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm là các trường hợp cơ quan thuế được thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở của người nộp thuế.
Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong 09 nhóm trường hợp nhất định, chủ yếu dựa trên dấu hiệu vi phạm, mức độ rủi ro hoặc yêu cầu quản lý thuế.
Cụ thể như sau:
1. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế
Trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện phải kiểm tra trước khi hoàn, cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để xác định tính chính xác, đầy đủ và hợp pháp của hồ sơ trước khi thực hiện hoàn thuế.
2. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế
Đối với hồ sơ đã được hoàn thuế trước, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra sau hoàn theo nguyên tắc quản lý rủi ro.
Việc kiểm tra sau hoàn đối với hồ sơ hoàn thuế trước được thực hiện trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, theo quy định của Luật Quản lý thuế 2025.
3. Người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế
Khi phát hiện hoặc có căn cứ cho thấy người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế, cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra tại trụ sở để xác minh, làm rõ nội dung có liên quan.
Đây là một trong những trường hợp doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý bởi việc kiểm tra có thể xuất phát từ những dấu hiệu bất thường được phát hiện thông qua hồ sơ, dữ liệu quản lý thuế hoặc các nguồn thông tin khác.
4. Được lựa chọn theo kế hoạch hoặc chuyên đề kiểm tra
Cơ quan thuế có thể lựa chọn người nộp thuế để kiểm tra theo kế hoạch hoặc chuyên đề được xây dựng trong từng thời kỳ.
Việc lựa chọn này gắn với phương thức quản lý thuế dựa trên rủi ro, qua đó cơ quan thuế tập trung nguồn lực vào những nhóm người nộp thuế hoặc lĩnh vực có khả năng phát sinh rủi ro cao.
5. Theo yêu cầu hoặc đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền
Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế cũng có thể được thực hiện khi có yêu cầu hoặc đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền theo quy định pháp luật.
6. Người nộp thuế có rủi ro cao khi thực hiện các hoạt động thay đổi hoặc chấm dứt hoạt động
Đây là nhóm trường hợp doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm. Cơ quan thuế có thể kiểm tra tại trụ sở đối với người nộp thuế có mức độ rủi ro cao khi thực hiện các hoạt động như:
- Chia doanh nghiệp;
- Tách doanh nghiệp;
- Sáp nhập;
- Hợp nhất;
- Chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;
- Phá sản;
- Giải thể;
- Chấm dứt hoạt động;
- Cổ phần hóa;
- Chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
- Chuyển địa điểm kinh doanh.
Đặc biệt, đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp nêu trên, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm, trừ trường hợp kiểm tra lại theo quy định.
7. Trường hợp kiểm tra được chuyển từ quá trình kiểm tra tại cơ quan quản lý thuế
Cơ quan thuế trước hết có thể kiểm tra dựa trên hồ sơ thuế và cơ sở dữ liệu quản lý thuế trên Hệ thống thông tin quản lý thuế.
Trong quá trình này, cơ quan quản lý thuế có quyền:
- Yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu;
- Ban hành quyết định ấn định thuế nếu thuộc trường hợp phải ấn định;
- Xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế;
- Chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi cần thiết.
Đối với hoạt động kiểm tra sau thông quan, việc thực hiện được áp dụng theo quy định của pháp luật về hải quan.
8. Kiểm tra phục vụ việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế
Khi cần thiết để giải quyết khiếu nại hoặc tố cáo liên quan đến thuế, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để xác minh các nội dung có liên quan.
9. Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế có mức độ rủi ro cao
Trường hợp hồ sơ đề nghị miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế được xác định có rủi ro cao, cơ quan thuế có thể tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để làm rõ căn cứ và điều kiện áp dụng chính sách thuế.
Doanh nghiệp cần lưu ý gì từ ngày 01/07/2026?
Việc Luật Quản lý thuế 2025 chuyển mạnh sang phương thức quản lý dựa trên rủi ro và ứng dụng dữ liệu khiến doanh nghiệp không nên chỉ quan tâm đến việc kê khai, nộp thuế đúng hạn mà còn phải thường xuyên kiểm soát tính nhất quán của hồ sơ.
Đặc biệt, doanh nghiệp nên chủ động rà soát:
- Hồ sơ khai thuế và báo cáo tài chính;
- Hóa đơn, chứng từ đầu vào và đầu ra;
- Số liệu doanh thu, chi phí, công nợ;
- Hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế nếu có;
- Giao dịch liên kết và các khoản giao dịch có giá trị lớn;
- Hồ sơ khi doanh nghiệp thực hiện chia, tách, sáp nhập, chuyển đổi, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động.
Tóm lại, từ ngày 01/07/2026, cơ quan thuế có thể kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong 09 nhóm trường hợp theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Đáng chú ý, việc kiểm tra được gắn chặt với quản lý rủi ro, vì vậy doanh nghiệp có hồ sơ thuế minh bạch, số liệu thống nhất và chứng từ đầy đủ sẽ chủ động hơn đáng kể khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.
Người nộp thuế có được quyền từ chối kiểm tra thuế tại trụ sở không?
Theo quy định tại điểm a khoản 4 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế trong quá trình kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định tại điểm e, điểm r khoản 1 Điều 37 của Luật này và các quy định pháp luật có liên quan về kiểm tra chuyên ngành.
Đáng chú ý, điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 2025 quy định người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra trong một số trường hợp nhất định. Cụ thể, người nộp thuế có thể:
- Từ chối kiểm tra tại trụ sở của mình nếu cơ quan quản lý thuế không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền;
- Từ chối kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế nếu chưa nhận được thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo quy định;
- Từ chối cung cấp những thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc phạm vi bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác;
- Được quyền giải trình các vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến của mình;
- Thực hiện quyền khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định pháp luật;
- Tố cáo hành vi vi phạm pháp luật xảy ra trong quá trình kiểm tra thuế và thực hiện các quyền khác theo quy định về kiểm tra chuyên ngành.
Như vậy, người nộp thuế không phải lúc nào cũng có nghĩa vụ chấp nhận việc kiểm tra tại trụ sở. Doanh nghiệp có quyền từ chối nếu việc kiểm tra được thực hiện không có quyết định kiểm tra hợp lệ của cơ quan có thẩm quyền. Tương tự, người nộp thuế cũng có quyền từ chối kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế nếu chưa có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo quy định.
Tuy nhiên, cần phân biệt rõ giữa quyền từ chối một cuộc kiểm tra không đúng căn cứ, trình tự và việc không chấp hành một quyết định kiểm tra hợp pháp. Nếu cơ quan thuế đã ban hành quyết định kiểm tra đúng thẩm quyền, đúng quy định thì người nộp thuế vẫn phải thực hiện các nghĩa vụ tương ứng theo pháp luật.
Các biện pháp kiểm tra thuế được áp dụng khi có dấu hiệu trốn thuế từ ngày 01/07/2026
Luật Quản lý thuế 2025 bổ sung quy định đáng chú ý đối với trường hợp cơ quan quản lý thuế phát hiện dấu hiệu trốn thuế. Theo Điều 23 Luật này, cơ quan quản lý thuế có thể áp dụng các biện pháp thu thập thông tin và tạm giữ tài liệu nhằm phục vụ việc xác minh, làm rõ vụ việc.
1. Thu thập thông tin liên quan đến dấu hiệu trốn thuế
Khi có căn cứ cho rằng người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế có quyền yêu cầu các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan cung cấp thông tin bằng văn bản hoặc trực tiếp trả lời những vấn đề phục vụ công tác kiểm tra.
Đặc biệt, cơ quan thuế có quyền truy cập dữ liệu từ phần mềm kế toán, hệ thống hóa đơn điện tử và máy tính tiền của người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế theo quy định.
Các cơ quan, tổ chức, cá nhân được yêu cầu cung cấp thông tin phải thực hiện đúng nội dung, thời hạn và địa chỉ được yêu cầu, đồng thời chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của thông tin đã cung cấp.
2. Tạm giữ tài liệu liên quan đến dấu hiệu trốn thuế
Trong trường hợp cần thiết để có căn cứ xác định hành vi trốn thuế, Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế hoặc Trưởng đoàn kiểm tra thuế có quyền quyết định tạm giữ tài liệu liên quan.
Việc tạm giữ phải được thực hiện theo đúng trình tự, thủ tục, trong đó:
- Quyết định tạm giữ do Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế hoặc Trưởng đoàn kiểm tra thuế ban hành theo thẩm quyền;
- Việc tạm giữ chỉ được áp dụng khi cần thiết để xác định hành vi có dấu hiệu trốn thuế;
- Khi thực hiện tạm giữ, Trưởng đoàn kiểm tra thuế phải lập biên bản và có trách nhiệm bảo quản các tài liệu được tạm giữ;
- Cơ quan quản lý thuế phải giao cho tổ chức, cá nhân có tài liệu bị tạm giữ 01 bản quyết định tạm giữ và 01 bản biên bản tạm giữ.
Tóm lại, từ ngày 01/07/2026, khi xuất hiện dấu hiệu trốn thuế, cơ quan quản lý thuế có thêm cơ sở pháp lý để thu thập dữ liệu, khai thác thông tin từ hệ thống kế toán, hóa đơn điện tử, máy tính tiền và trong trường hợp cần thiết có thể tạm giữ tài liệu liên quan. Do đó, doanh nghiệp cần đặc biệt chú trọng việc lưu trữ, quản lý và bảo đảm tính thống nhất của hồ sơ kế toán, hóa đơn, chứng từ và dữ liệu điện tử để có thể giải trình đầy đủ khi được yêu cầu.
Kết luận
Từ 01/07/2026, việc nắm rõ các trường hợp có thể bị kiểm tra thuế tại trụ sở là điều cần thiết đối với mọi doanh nghiệp. Đây không chỉ là cách để doanh nghiệp chủ động ứng phó khi nhận được quyết định kiểm tra mà còn giúp nhận diện sớm những điểm có nguy cơ rủi ro trong hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ và sổ sách kế toán.
Thay vì chờ đến khi cơ quan thuế yêu cầu mới rà soát, doanh nghiệp nên thường xuyên tự kiểm tra và đánh giá mức độ tuân thủ thuế, kịp thời khắc phục những sai sót còn tồn tại và chuẩn hóa hồ sơ, chứng từ. Sự chủ động này sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro, nâng cao tính minh bạch trong quản trị thuế và bảo đảm tốt hơn quyền, lợi ích hợp pháp khi làm việc với cơ quan thuế.
Dịch vụ hỗ trợ thanh kiểm tra thuế của Công ty Tư Vấn Thuế HD là giải pháp giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, chứng từ và xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra. Với đặc thù hoạt động thanh kiểm tra thuế thường liên quan đến nhiều hồ sơ, sổ sách và quy định pháp luật, sự đồng hành của đơn vị có chuyên môn sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót, giảm áp lực và bảo vệ tốt hơn quyền, lợi ích hợp pháp của mình.
Tư Vấn Thuế HD hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ, chứng từ và sổ sách kế toán; đánh giá những nội dung có nguy cơ bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình; hướng dẫn chuẩn bị tài liệu cần thiết và hỗ trợ doanh nghiệp giải trình, xử lý các vấn đề phát sinh trong phạm vi phù hợp với quy định pháp luật. Qua đó, doanh nghiệp có thể chủ động hơn khi làm việc với cơ quan thuế, đồng thời hạn chế nguy cơ phát sinh truy thu, tiền chậm nộp hoặc các khoản xử phạt do sai sót trong quá trình kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế.
Nếu doanh nghiệp đang nhận quyết định thanh tra, kiểm tra thuế hoặc có nhu cầu rà soát và chuẩn bị hồ sơ trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, không nên chủ quan hoặc tự xử lý khi chưa nắm rõ quy định. Hãy liên hệ Công ty Tư Vấn Thuế HD để được tư vấn thuế và hỗ trợ thanh kiểm tra thuế một cách chuyên nghiệp, kịp thời và phù hợp với tình hình thực tế của doanh nghiệp.
Thông tin:
- Website: tuvanthuehd.com
- Địa chỉ: Lô a2d11 Khu đô thị mới Cầu Giấy, số 3 ngõ 84 đường Trần Thái Tông, Phường Cầu Giấy, Thành Phố Hà Nội, Việt Nam.
- SĐT: 036.825.6731 – 034. 943.2286
- Email: [email protected]
