Thanh tra, kiểm tra thuế là hoạt động bình thường trong công tác quản lý thuế, nhưng đối với doanh nghiệp, đây vẫn là giai đoạn đòi hỏi sự chuẩn bị kỹ lưỡng. Chỉ một sai sót trong hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ kế toán hoặc việc giải trình thiếu nhất quán cũng có thể khiến doanh nghiệp phải bổ sung hồ sơ, điều chỉnh nghĩa vụ thuế, thậm chí đối mặt với các khoản truy thu và xử phạt nếu có vi phạm.

Vì vậy, chuẩn bị trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra là bước đặc biệt quan trọng. Doanh nghiệp cần rà soát những hồ sơ nào, kiểm tra sổ sách và hóa đơn ra sao, chuẩn bị nội dung giải trình như thế nào và cần lưu ý gì trong quá trình làm việc với đoàn thanh tra, kiểm tra? Bài viết dưới đây sẽ cung cấp những nội dung cần thiết giúp doanh nghiệp chủ động kiểm soát rủi ro, chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và bảo vệ tốt hơn quyền, lợi ích hợp pháp của mình.

Doanh nghiệp cần làm gì trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra?

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi cơ quan thuế kiểm tra?

Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 2025 đặt hoạt động kiểm tra thuế theo hướng tăng cường quản lý rủi ro, khai thác dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin. Vì vậy, doanh nghiệp không nên đợi đến khi nhận quyết định kiểm tra mới bắt đầu rà soát sổ sách, chứng từ.

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong 09 trường hợp sau:

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế trước, theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
Người nộp thuế thuộc trường hợp được lựa chọn kiểm tra theo kế hoạch hoặc chuyên đề.
Kiểm tra theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền.
Người nộp thuế được xác định là có mức độ rủi ro cao, chẳng hạn trong các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.
Trường hợp thuộc quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025. Theo đó, cơ quan thuế có thể kiểm tra dựa trên hồ sơ thuế và dữ liệu quản lý thuế; yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi cần thiết. Đối với kiểm tra sau thông quan, việc thực hiện theo pháp luật về hải quan.
Kiểm tra để phục vụ giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế được xác định có mức độ rủi ro cao.

Vậy doanh nghiệp nên chuẩn bị gì trước khi cơ quan thuế kiểm tra?

Chuẩn bị trước một cuộc kiểm tra thuế không đồng nghĩa với việc đối phó với cơ quan thuế. Điều quan trọng là doanh nghiệp chủ động rà soát toàn bộ hồ sơ kế toán – thuế, phát hiện điểm bất thường và chuẩn bị căn cứ giải trình về bản chất của các giao dịch.

Có thể tập trung vào 04 yếu tố cốt lõi:

Sổ sách đầy đủ;
Hóa đơn hợp pháp;
Chứng từ hợp lý, logic;
Giải trình rõ ràng bản chất giao dịch.

Việc chuẩn bị càng sớm thì doanh nghiệp càng có khả năng phát hiện và xử lý sai sót trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.

1. Xác định chính xác phạm vi kiểm tra

Trước tiên, doanh nghiệp cần xác định rõ cuộc kiểm tra dự kiến tập trung vào vấn đề nào, chẳng hạn:

Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế hay tại trụ sở người nộp thuế;
Thời kỳ, niên độ nào nằm trong phạm vi kiểm tra;
Nội dung kiểm tra liên quan đến thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN, hóa đơn, hoàn thuế, giao dịch liên kết hay kiểm tra tổng thể.

Việc xác định đúng phạm vi giúp doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ đúng trọng tâm, tránh tình trạng rà soát dàn trải nhưng lại bỏ sót những nội dung quan trọng.

Doanh nghiệp cũng cần lưu ý quy trình kiểm tra thuế được thực hiện theo quy định pháp luật hiện hành và các văn bản hướng dẫn có liên quan.

2. Chuẩn bị nhóm hồ sơ pháp lý và hồ sơ doanh nghiệp

Đây là nhóm tài liệu nền tảng mà doanh nghiệp nên kiểm tra trước, bao gồm:

Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và các giấy tờ đăng ký thay đổi;
Điều lệ công ty;
Quyết định bổ nhiệm Giám đốc, kế toán trưởng hoặc người phụ trách kế toán;
Hồ sơ đăng ký thuế;
Giấy phép, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh đối với ngành, nghề kinh doanh có điều kiện;
Hồ sơ liên quan đến chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, kho hàng nếu có.

Doanh nghiệp nên sắp xếp các tài liệu này theo từng nhóm và từng thời kỳ để dễ dàng xuất trình khi được yêu cầu.

3. Đối chiếu tờ khai thuế với sổ kế toán và chứng từ

Một trong những nội dung quan trọng nhất trước khi kiểm tra là đối chiếu chéo số liệu giữa các nguồn hồ sơ.

Doanh nghiệp nên rà soát:

Tờ khai thuế GTGT theo tháng hoặc quý;
Hồ sơ quyết toán thuế TNDN;
Hồ sơ quyết toán thuế TNCN;
Tờ khai lệ phí môn bài;
Hồ sơ thuế nhà thầu nếu phát sinh;
Phụ lục giao dịch liên kết nếu thuộc trường hợp phải kê khai;
Hồ sơ thuế vãng lai, thuế tài nguyên, thuế tiêu thụ đặc biệt hoặc các sắc thuế đặc thù khác nếu có.

Đặc biệt, cần đối chiếu giữa:

Tờ khai thuế ↔ sổ kế toán ↔ báo cáo tài chính ↔ hóa đơn ↔ chứng từ ngân hàng.

Nếu các nguồn dữ liệu này có chênh lệch, doanh nghiệp cần xác định nguyên nhân và chuẩn bị tài liệu chứng minh, giải trình tương ứng.

4. Rà soát và xử lý các sai sót về thuế

Trong quá trình tự kiểm tra, nếu phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót, doanh nghiệp cần đánh giá để thực hiện khai bổ sung, điều chỉnh nghĩa vụ thuế theo đúng quy định và đúng thời điểm.

Đáng chú ý, theo thông tin được nêu trong nội dung này:

Đến hết ngày 30/06/2026: thời hạn khai bổ sung được xác định là 10 năm;
Từ ngày 01/07/2026: theo Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn khai bổ sung được rút xuống còn 05 năm.

Do đó, doanh nghiệp không nên để các sai sót về thuế tồn tại trong thời gian dài mà không được kiểm tra, đánh giá và xử lý.

Cần đặc biệt lưu ý thời điểm khai bổ sung

Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên xem xét xử lý trước thời điểm cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra, tùy từng trường hợp và phạm vi sai sót.

Trường hợp đã có quyết định kiểm tra, doanh nghiệp cần xác định sai sót đó có thuộc thời kỳ và nội dung kiểm tra hay không để có phương án xử lý phù hợp.

Bộ phận kế toán cũng nên lập trước bảng giải trình đối với những khoản mục có chênh lệch lớn hoặc có nguyên nhân đặc thù để chủ động khi cơ quan thuế yêu cầu giải thích.

5. Kiểm tra đầy đủ hệ thống sổ sách kế toán

Doanh nghiệp nên chuẩn bị và rà soát tối thiểu các tài liệu kế toán quan trọng như:

Sổ Nhật ký chung;
Sổ Cái;
Sổ chi tiết công nợ phải thu, phải trả;
Sổ quỹ tiền mặt;
Sổ tiền gửi ngân hàng;
Sổ kho, bảng nhập – xuất – tồn;
Bảng phân bổ chi phí trả trước;
Bảng tính và phân bổ khấu hao tài sản cố định;
Bảng lương và hồ sơ liên quan đến tiền lương;
Bảng cân đối số phát sinh;
Báo cáo tài chính đã nộp;
Bảng tính giá thành, bảng phân bổ chi phí sản xuất dở dang nếu có.

Một nguyên tắc quan trọng là số liệu cuối kỳ trên sổ kế toán phải có sự thống nhất với báo cáo tài chính và các hồ sơ thuế đã kê khai. Những khoản chênh lệch cần được xác định nguyên nhân và có hồ sơ giải trình hợp lý.

6. Đặc biệt rà soát doanh thu, hóa đơn và thuế

Doanh thu và hóa đơn thường là nhóm nội dung cần được doanh nghiệp kiểm tra kỹ trước khi làm việc với cơ quan thuế.

Có thể bắt đầu bằng những câu hỏi sau:

Doanh thu trên hóa đơn có khớp với doanh thu trên tờ khai GTGT và sổ kế toán không?
Doanh nghiệp có phát sinh hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế hoặc hóa đơn hủy không?
Có trường hợp xuất hóa đơn không đúng thời điểm không?
Có khoản doanh thu đã thu tiền nhưng chưa lập hóa đơn không?
Các khoản thu hộ, chi hộ đã được phân loại và hạch toán đúng chưa?
Các khoản bồi thường, hỗ trợ có được xác định đúng bản chất để xử lý thuế không?
Hoạt động thanh lý tài sản, cho thuê tài sản, bán phế liệu có phát sinh nghĩa vụ thuế và hóa đơn hay không?
Doanh thu ghi nhận trên hệ thống kế toán có thống nhất với dữ liệu hóa đơn điện tử và hồ sơ khai thuế không?

Đây là những nội dung doanh nghiệp nên rà soát trước, bởi chỉ một khoản chênh lệch giữa hóa đơn – kế toán – tờ khai thuế – chứng từ thanh toán cũng có thể dẫn đến yêu cầu giải trình.

7. Nguyên tắc quan trọng: Chủ động rà soát thay vì chờ cơ quan thuế phát hiện

Từ ngày 01/07/2026, hoạt động kiểm tra thuế được thực hiện theo định hướng quản lý rủi ro và khai thác dữ liệu, vì vậy doanh nghiệp càng cần nâng cao chất lượng quản trị hồ sơ thuế.

Thay vì chỉ tập trung chuẩn bị khi đã nhận được thông báo kiểm tra, doanh nghiệp nên duy trì việc tự kiểm tra định kỳ:

Rà soát hồ sơ → đối chiếu số liệu → xác định sai lệch → bổ sung chứng từ → chuẩn bị giải trình → xử lý sai sót nếu có.

Cách làm này không chỉ giúp doanh nghiệp chủ động hơn khi cơ quan thuế kiểm tra mà còn góp phần hạn chế rủi ro về truy thu thuế, tiền chậm nộp, xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn.

8. Rà soát chi phí được trừ

Chi phí là một trong những nội dung thường cần được kiểm tra kỹ vì có ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế. Doanh nghiệp nên lần lượt đối chiếu:

Chi phí đã có hóa đơn, chứng từ hợp pháp hay chưa;
Có đáp ứng yêu cầu về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp pháp luật bắt buộc hay không;
Hàng hóa, dịch vụ mua vào có thực sự phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh;
Hồ sơ có đầy đủ hợp đồng, biên bản nghiệm thu, phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, đề nghị thanh toán, bảng kê và các tài liệu liên quan hay không.

Những khoản như chi phí thiếu hồ sơ, chi phí mang tính chất cá nhân, chi phí tiếp khách không chứng minh được mục đích, tiền lương thiếu căn cứ hoặc chi phí khấu hao không đáp ứng điều kiện thường tiềm ẩn rủi ro khi cơ quan thuế xem xét.

9. Kiểm tra các khoản phải thu, phải trả

Các khoản công nợ phát sinh lâu ngày, số dư bất thường hoặc không xác định rõ đối tượng cũng cần được doanh nghiệp đặc biệt lưu ý.

Hồ sơ nên được chuẩn bị đầy đủ, bao gồm:

Hợp đồng và phụ lục hợp đồng;
Hóa đơn và chứng từ thanh toán;
Hồ sơ bù trừ công nợ nếu có;
Biên bản đối chiếu hoặc xác nhận công nợ, nhất là đối với các khoản có giá trị lớn, tồn đọng lâu hoặc phát sinh bất thường.

Đồng thời, cần rà soát kỹ các khoản tạm ứng, phải thu khác, phải trả khác để xác định đúng bản chất kinh tế của từng khoản, tránh tình trạng số dư kéo dài nhưng không có hồ sơ chứng minh.

10. Đối chiếu dòng tiền và bản chất giao dịch

Dòng tiền là một trong những căn cứ quan trọng để đối chiếu với sổ kế toán, hóa đơn và hồ sơ thuế. Doanh nghiệp nên kiểm tra:

Sổ quỹ tiền mặt có thời điểm bị âm hay không;
Phiếu thu, phiếu chi có đầy đủ chữ ký và chứng từ liên quan;
Các khoản chi tiền mặt có thuộc trường hợp phải thanh toán không dùng tiền mặt hay không;
Sao kê ngân hàng đã được ghi nhận đầy đủ và đúng bản chất chưa;
Các khoản tiền chuyển vào tài khoản doanh nghiệp đã được xác định đúng là doanh thu, khoản vay, vốn góp hay công nợ hay chưa.

Đặc biệt, đối với tiền do giám đốc, chủ sở hữu hoặc cổ đông chuyển vào doanh nghiệp, cần xác định rõ đó là khoản góp vốn, cho vay, tạm ứng hay thanh toán hộ.

Nếu sổ sách thể hiện số dư tiền mặt rất lớn nhưng thực tế doanh nghiệp không có lượng tiền tương ứng, trong khi doanh nghiệp vẫn phát sinh khoản vay và chi phí lãi vay, đây có thể là vấn đề cần được rà soát và giải trình. Tuy nhiên, không phải cứ có số dư tiền mặt lớn trên sổ là mặc nhiên bị loại chi phí lãi vay. Điều quan trọng là doanh nghiệp có chứng minh được nhu cầu vay, mục đích sử dụng vốn và dòng tiền thực tế hay không.

Do đó, nên chuẩn bị hợp đồng vay, chứng từ nhận tiền, chứng từ trả lãi, tài liệu chứng minh mục đích sử dụng vốn và các chứng từ thanh toán liên quan.

11. Rà soát hồ sơ lao động, tiền lương

Đối với tiền lương và các khoản liên quan đến người lao động, doanh nghiệp nên tập hợp:

Hợp đồng lao động;
Quyết định tuyển dụng, bổ nhiệm;
Bảng chấm công;
Bảng tính và thanh toán tiền lương;
Hồ sơ đăng ký người phụ thuộc, cam kết thu nhập nếu có;
Chứng từ khấu trừ thuế TNCN;
Hồ sơ quyết toán thuế TNCN;
Hồ sơ tham gia bảo hiểm xã hội.

Sau đó, cần đối chiếu giữa chi phí tiền lương đã hạch toán, bảng lương, số tiền thực tế đã trả, số liệu kê khai TNCN và số liệu tham gia bảo hiểm để phát hiện chênh lệch trước khi cơ quan thuế kiểm tra.

12. Kiểm tra hàng tồn kho, giá vốn và quy trình nhập – xuất

Hàng tồn kho là khu vực có thể phát sinh nhiều rủi ro nếu số liệu kế toán không phản ánh đúng thực tế. Doanh nghiệp nên kiểm tra:

Hàng nhập kho có đầy đủ hóa đơn, phiếu nhập và biên bản giao nhận;
Hàng xuất kho có phiếu xuất, định mức, lệnh sản xuất hoặc hồ sơ nghiệm thu;
Giá vốn có phù hợp với doanh thu;
Số lượng hàng tồn cuối kỳ có đúng với thực tế;
Có xảy ra tình trạng âm kho hay không;
Hàng chậm luân chuyển, hư hỏng, mất mát đã được xử lý đúng hồ sơ chưa.

Tình trạng tồn kho ảo, âm kho hoặc số liệu kiểm kê không khớp với sổ sách có thể khiến cơ quan thuế yêu cầu doanh nghiệp giải trình lại giá vốn, chi phí và doanh thu.

Vì vậy, nên chuẩn bị:

Bảng nhập – xuất – tồn;
Phiếu nhập, phiếu xuất;
Biên bản kiểm kê;
Định mức nguyên vật liệu;
Hồ sơ xử lý hàng thiếu hụt, hư hỏng, mất mát.

Đối với doanh nghiệp xây dựng, cần chuẩn bị thêm dự toán, hợp đồng, biên bản nghiệm thu, quyết toán công trình và hồ sơ phân bổ vật tư, nhân công, máy thi công, chi phí chung.

13. Hoàn thiện hồ sơ tài sản cố định và công cụ dụng cụ

Đối với tài sản cố định, doanh nghiệp cần kiểm tra sự thống nhất giữa hồ sơ mua sắm, kế toán và thực tế sử dụng. Một số tài liệu quan trọng gồm:

Hóa đơn mua tài sản;
Hợp đồng mua bán;
Biên bản bàn giao, nghiệm thu;
Quyết định đưa tài sản vào sử dụng;
Bảng tính khấu hao;
Hồ sơ thanh lý tài sản nếu có.

Đối với công cụ dụng cụ và chi phí trả trước, cần có bảng phân bổ rõ ràng, căn cứ phân bổ phù hợp và số liệu thống nhất với sổ kế toán.

14. Kiểm tra hệ thống hợp đồng và chứng từ giao dịch

Hợp đồng có thể xem là “xương sống” của hồ sơ giải trình, giúp doanh nghiệp chứng minh bản chất và cơ sở phát sinh giao dịch.

Doanh nghiệp nên rà soát:

Hợp đồng mua vào, bán ra;
Hợp đồng thuê nhà, thuê xe, thuê kho;
Hợp đồng dịch vụ;
Hợp đồng vay;
Hợp đồng với cá nhân;
Hợp đồng với bên liên kết;
Hợp đồng ngoại thương nếu có hoạt động xuất nhập khẩu.

Mỗi giao dịch nên được liên kết thành một bộ hồ sơ thống nhất, gồm hợp đồng, phụ lục, nghiệm thu, bàn giao, thanh lý, hóa đơn và chứng từ thanh toán tương ứng.

15. Đối chiếu toàn bộ số liệu trước khi làm việc với cơ quan thuế

Trước khi đoàn kiểm tra làm việc, kế toán nên thực hiện một vòng rà soát tổng thể. Một số câu hỏi cần đặt ra gồm:

Doanh thu trên hóa đơn có khớp với doanh thu trên báo cáo tài chính không?
Thuế GTGT đầu vào có hóa đơn hoặc nhà cung cấp tiềm ẩn rủi ro không?
Có nhà cung cấp đã bỏ địa chỉ kinh doanh hay có thông tin bất thường không?
Có khoản chi phí nào chưa đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt?
Công nợ có khoản nào treo lâu hoặc không xác định rõ đối tượng?
Các khoản vay từ giám đốc, cổ đông, cá nhân đã có hợp đồng và chứng từ đầy đủ chưa?
Có giao dịch liên kết nhưng chưa thực hiện đầy đủ hồ sơ kê khai hay không?

16. Rà soát bảng cân đối phát sinh

Bảng cân đối phát sinh cần được sử dụng như một “bản đồ rủi ro” để tìm ra những điểm bất thường trong hệ thống kế toán.

Cần đặc biệt lưu ý:

Tiền mặt có âm quỹ hoặc tồn quỹ quá lớn bất thường;
Tài khoản ngân hàng có giao dịch chưa được phản ánh đúng bản chất;
Công nợ phải thu, phải trả treo lâu;
Hàng tồn kho âm hoặc tồn kho không phù hợp thực tế;
Tài sản cố định, công cụ dụng cụ, chi phí trả trước thiếu hồ sơ;
Doanh thu, giá vốn và chi phí có phù hợp với hóa đơn, hợp đồng, nghiệm thu và dòng tiền hay không.

17. Kiểm tra chứng từ và chữ ký

Không chỉ cần có chứng từ, doanh nghiệp còn phải bảo đảm chứng từ đúng nội dung, đúng bản chất nghiệp vụ và đầy đủ chữ ký theo quy định.

Một số nhóm chứng từ cần rà soát gồm:

Phiếu thu, phiếu chi;
Phiếu nhập, phiếu xuất;
Biên bản giao nhận, nghiệm thu;
Bảng chấm công, bảng lương;
Đề nghị thanh toán, tạm ứng, hoàn ứng;
Hồ sơ bàn giao tài sản;
Hồ sơ thanh lý và quyết toán hợp đồng.

Việc tự kiểm tra trước sẽ giúp doanh nghiệp nhận diện được mình đang thiếu gì, sai ở đâu và cần giải trình vấn đề nào.

18. Phân công một đầu mối làm việc với đoàn kiểm tra

Doanh nghiệp nên thống nhất trước người chịu trách nhiệm chính trong quá trình làm việc với cơ quan thuế, đồng thời phân công rõ:

Người đại diện làm việc với đoàn kiểm tra;
Người cung cấp hồ sơ kế toán;
Người phụ trách hóa đơn;
Người phụ trách ngân hàng;
Người phụ trách lao động, tiền lương;
Người có thẩm quyền ký các biên bản liên quan.

Việc để quá nhiều người tự phát trả lời có thể dẫn đến thông tin không thống nhất hoặc giải trình không đúng bản chất giao dịch.

19. Bình tĩnh, hợp tác và cung cấp hồ sơ đúng phạm vi

Khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, doanh nghiệp nên giữ thái độ hợp tác nhưng đồng thời phải kiểm soát chặt chẽ phạm vi cung cấp thông tin.

Một số nguyên tắc nên thực hiện:

Cung cấp hồ sơ đúng nội dung và thời kỳ được yêu cầu;
Có xác nhận, bàn giao hồ sơ khi cần thiết;
Không trả lời ngay những vấn đề chưa có đủ thông tin;
Với vấn đề phức tạp, có thể đề nghị thời gian đối chiếu trước khi phản hồi;
Những nội dung giải trình quan trọng nên được lập thành văn bản và kèm tài liệu chứng minh.

Doanh nghiệp cũng cần đọc kỹ biên bản làm việc, biên bản kiểm tra và các nội dung dự kiến xử lý trước khi ký. Nếu còn vấn đề chưa thống nhất, cần thể hiện rõ ý kiến giải trình hoặc bảo lưu theo quy định.

20. Chủ động rà soát trước khi cơ quan thuế kiểm tra

Chuẩn bị hồ sơ kiểm tra thuế không phải là công việc chỉ thực hiện trong vài ngày trước khi đoàn kiểm tra đến. Đây phải là kết quả của một quy trình kế toán – thuế được thực hiện đúng và kiểm soát thường xuyên ngay từ đầu.

Một doanh nghiệp có sự chuẩn bị tốt cần bảo đảm:

Sổ sách đầy đủ – hóa đơn hợp pháp – chứng từ logic – số liệu nhất quán – giải trình được bản chất giao dịch.

Thay vì chờ đến khi cơ quan thuế đặt câu hỏi mới tìm hồ sơ và giải thích, doanh nghiệp nên chủ động thực hiện “kiểm tra nội bộ” định kỳ để phát hiện và xử lý những điểm còn thiếu sót.

21. Chuẩn bị tốt là cách bảo vệ doanh nghiệp

Kế toán không chỉ đơn thuần là công việc ghi nhận nghiệp vụ và nộp các báo cáo thuế. Một hệ thống kế toán được tổ chức tốt còn là cơ sở để doanh nghiệp bảo vệ quyền và lợi ích của mình khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra.

Khi hồ sơ được chuẩn hóa, số liệu được đối chiếu và từng giao dịch đều có căn cứ chứng minh, doanh nghiệp sẽ chủ động hơn trong quá trình làm việc, hạn chế tình trạng giải trình bị động và giảm thiểu những rủi ro không đáng có về thuế.

Không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế bị xử phạt bao nhiêu?

Việc không tiếp nhận hoặc không thực hiện đúng quyết định thanh tra, kiểm tra thuế không chỉ khiến doanh nghiệp gặp khó khăn trong quá trình làm việc với cơ quan thuế mà còn có thể dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính. Theo Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP, các hành vi vi phạm quy định về chấp hành quyết định kiểm tra, thanh tra thuế, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế có thể bị xử phạt như sau:

Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng đối với một trong các hành vi:

Không nhận quyết định thanh tra, kiểm tra thuế hoặc quyết định cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế khi cơ quan thuế thực hiện giao, gửi theo đúng quy định;
Không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế từ 03 ngày làm việc trở lên kể từ thời điểm phải thực hiện quyết định;
Cung cấp hồ sơ, tài liệu, hóa đơn, chứng từ, sổ kế toán liên quan đến nghĩa vụ thuế chậm quá 06 giờ làm việc kể từ khi nhận được yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền trong thời gian kiểm tra, thanh tra tại trụ sở;
Cung cấp thông tin, tài liệu hoặc sổ kế toán không đầy đủ, không chính xác theo yêu cầu phục vụ việc xác định nghĩa vụ thuế;
Không ký biên bản thanh tra, kiểm tra thuế trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày lập hoặc ngày công bố công khai biên bản.

Như vậy, trường hợp người nộp thuế không nhận hoặc không chấp hành quyết định thanh tra, kiểm tra thuế theo quy định có thể bị phạt tiền từ 2 triệu đồng đến 5 triệu đồng.

Lưu ý: Mức phạt nêu trên là mức áp dụng đối với tổ chức. Trường hợp cá nhân thực hiện cùng hành vi vi phạm thì mức phạt bằng 1/2 mức phạt đối với tổ chức.

Người nộp thuế có những quyền gì trong quá trình kiểm tra thuế?

Từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 2025 quy định cụ thể hơn về quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế trong quá trình kiểm tra thuế. Theo khoản 4 Điều 22 Luật này, quyền của người nộp thuế được thực hiện theo điểm e và điểm r khoản 1 Điều 37 cùng các quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

Theo đó, khi làm việc với cơ quan quản lý thuế, người nộp thuế có các quyền đáng chú ý sau:

1. Được nhận đầy đủ thông báo, quyết định và kết quả kiểm tra

Người nộp thuế có quyền được nhận thông báo, quyết định, biên bản, kết luận liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế từ cơ quan chức năng trong quá trình thanh tra, kiểm tra, kiểm toán.

Đây là cơ sở để doanh nghiệp nắm được nội dung kiểm tra, kết quả xử lý cũng như các nghĩa vụ phát sinh nếu có.

2. Có quyền từ chối kiểm tra khi không có căn cứ pháp lý phù hợp

Khi cơ quan quản lý thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra nếu không có quyết định kiểm tra tại trụ sở của cơ quan có thẩm quyền.

Tương tự, đối với việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế, người nộp thuế có quyền từ chối nếu cơ quan thuế chưa có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo quy định.

Điều này giúp bảo đảm hoạt động kiểm tra được thực hiện đúng thẩm quyền, trình tự và phạm vi pháp luật cho phép.

3. Có quyền từ chối cung cấp tài liệu không liên quan

Người nộp thuế không phải cung cấp mọi thông tin, tài liệu mà không có giới hạn. Theo quy định, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước, trừ trường hợp pháp luật về hoạt động kiểm tra thuế có quy định khác.

Do đó, doanh nghiệp nên cung cấp hồ sơ đúng nội dung, đúng phạm vi và đúng thời kỳ được kiểm tra, thay vì cung cấp tràn lan những tài liệu không liên quan.

4. Được giải trình và bảo lưu ý kiến

Trong quá trình kiểm tra, nếu có vấn đề chưa thống nhất với nhận định hoặc yêu cầu của cơ quan thuế, người nộp thuế có quyền giải trình về các nội dung liên quan và bảo lưu ý kiến của mình.

Đối với những vấn đề phức tạp, doanh nghiệp nên chuẩn bị văn bản giải trình kèm theo hợp đồng, hóa đơn, chứng từ, sổ sách và các tài liệu khác để chứng minh cho quan điểm của mình.

5. Có quyền khiếu nại, khởi kiện và yêu cầu bồi thường

Khi cho rằng quyền, lợi ích hợp pháp của mình bị xâm phạm, người nộp thuế có quyền:

Khiếu nại theo quy định pháp luật;
Khởi kiện;
Yêu cầu bồi thường thiệt hại nếu có căn cứ;
Thực hiện các quyền khác được pháp luật quy định.

6. Có quyền tố cáo hành vi vi phạm trong quá trình kiểm tra

Người nộp thuế cũng có quyền tố cáo hành vi vi phạm pháp luật xảy ra trong quá trình kiểm tra thuế, đồng thời thực hiện các quyền khác theo quy định của pháp luật về kiểm tra chuyên ngành.

Người nộp thuế có nghĩa vụ hợp tác và chấp hành đúng quyết định kiểm tra thuế, nhưng điều đó không đồng nghĩa với việc phải chấp nhận mọi yêu cầu mà không có căn cứ. Doanh nghiệp vừa cần cung cấp đầy đủ hồ sơ thuộc phạm vi kiểm tra, vừa có quyền yêu cầu cơ quan thuế thực hiện đúng thẩm quyền, trình tự và nội dung kiểm tra; đồng thời được giải trình, bảo lưu ý kiến, khiếu nại hoặc thực hiện các quyền pháp lý khác khi cần thiết.

Vì vậy, để hạn chế rủi ro, doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ kế toán – thuế đầy đủ, phân công đầu mối làm việc rõ ràng và hiểu đúng cả nghĩa vụ phải chấp hành lẫn quyền được bảo vệ của người nộp thuế trong suốt quá trình kiểm tra.

Kết luận

Trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra, doanh nghiệp không nên chờ đến khi nhận được yêu cầu mới bắt đầu rà soát hồ sơ. Việc chủ động kiểm tra lại sổ sách kế toán, tờ khai thuế, hóa đơn, chứng từ, các giao dịch có giá trị lớn và những vấn đề tiềm ẩn rủi ro sẽ giúp doanh nghiệp phát hiện sớm sai sót, có phương án xử lý phù hợp và chuẩn bị nội dung giải trình nhất quán.

Một quá trình chuẩn bị bài bản không chỉ giúp giảm thiểu rủi ro về thuế và hạn chế các khoản truy thu, xử phạt có thể phát sinh, mà còn giúp doanh nghiệp tự tin, chủ động hơn khi làm việc với cơ quan thuế. Do đó, thay vì chỉ ứng phó khi cuộc thanh tra, kiểm tra bắt đầu, doanh nghiệp nên xây dựng cơ chế rà soát và quản trị thuế thường xuyên để luôn ở trạng thái sẵn sàng và bảo đảm tuân thủ pháp luật.

Dịch vụ hỗ trợ thanh kiểm tra thuế của Công ty Tư Vấn Thuế HD là giải pháp giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, chứng từ và xử lý các vấn đề phát sinh trong quá trình cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra. Với đặc thù hoạt động thanh kiểm tra thuế thường liên quan đến nhiều hồ sơ, sổ sách và quy định pháp luật, sự đồng hành của đơn vị có chuyên môn sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai sót, giảm áp lực và bảo vệ tốt hơn quyền, lợi ích hợp pháp của mình.

Tư Vấn Thuế HD hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ, chứng từ và sổ sách kế toán; đánh giá những nội dung có nguy cơ bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình; hướng dẫn chuẩn bị tài liệu cần thiết và hỗ trợ doanh nghiệp giải trình, xử lý các vấn đề phát sinh trong phạm vi phù hợp với quy định pháp luật. Qua đó, doanh nghiệp có thể chủ động hơn khi làm việc với cơ quan thuế, đồng thời hạn chế nguy cơ phát sinh truy thu, tiền chậm nộp hoặc các khoản xử phạt do sai sót trong quá trình kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế.

Nếu doanh nghiệp đang nhận quyết định thanh tra, kiểm tra thuế hoặc có nhu cầu rà soát và chuẩn bị hồ sơ trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, không nên chủ quan hoặc tự xử lý khi chưa nắm rõ quy định. Hãy liên hệ Công ty Tư Vấn Thuế HD để được tư vấn thuế và hỗ trợ thanh kiểm tra thuế một cách chuyên nghiệp, kịp thời và phù hợp với tình hình thực tế của doanh nghiệp.

Thông tin:

Website: tuvanthuehd.com
Địa chỉ: Lô a2d11 Khu đô thị mới Cầu Giấy, số 3 ngõ 84 đường Trần Thái Tông, Phường Cầu Giấy, Thành Phố Hà Nội, Việt Nam.
SĐT: 036.825.6731 – 034. 943.2286
Email: [email protected]

Doanh nghiệp cần làm gì trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra?